当然，晚明到清末，从利玛窦到汤若望，从马礼逊到马提摩太，这些伟大的信徒在中国进行了艰苦的耕作。今天，在一定意义上，“神州”生活在借他们所给予的恩宠之中。不用说今天信仰方面的收获，诚实的人们不应该忘记：近代以来，中国的科学、技术、医疗、印刷业、传媒、教育、慈善事业、现代婚姻制度、女权以及政治改良（有明一代以来）诸方面无不得益于来华传教士的文化贡献。然而，这一切在中国当代史中被彻底涂掉了，甚至换上了面目全非的说法。令人震惊的是，这些反历史的解释并非完全出于意识形态的需要，而同时来自中国知识分子的“自觉”。换句话说，审视基督教在华传播的历史我们震惊地发现，至少在1949年以前，是中国的知识分子而不是紫金城的天子是传教士最大的敌人。当然，这种说法并不排除这样一种经常出现的情况：朝庭和知识分子在铲除宗教的行动中往往互相利用。今天，经过“改造”（1949年以后）和毁灭（1966年以后）的双重灾难，神学和信仰在中国开始复兴。但与此同时，原教旨主义的无神论者也卷土重来，无论是新左派还是老左派，无论是体制内的科学派还是体制外的自由派，他们在继承“沈?嗪脱罟庀取钡氖乱瞪洗锍闪斯彩丁Ｕ?是在这种背景下，检讨中国知识分子的反宗教传统是当务之急。
“教案”——作为凶手的中国知识分子
由于教会从来没有在中国取得过相当于它在欧洲的政治地位，因此基督教在中国总是处于政治权力的淫威之下。基督教在华存在的这种先天不足，给他的敌人提供了充分调动各种资源予以打击的条件。“景教”的覆没（845年唐武宗发布铲除外宗教的诏书），似乎开启了基督教在中国受难的历史。遗憾的是，在这一连串苦难中，凶手主要是由中国士大夫来担当的，他们更多的时候是诽谤者或告密者，极端的时候，他们就是刽子手。
在这似乎令人费解的名单中，晚明的沈?嗪颓宄醯难罟庀忍乇鹨?人瞩目。
1615年，沈?嗳文暇├癫渴汤伞Ｕ庖荒?5月他向皇帝上奏书要求将传教士与中国信徒判处死刑，这一“檄文”揭开了“南京教案”的序幕。他对基督教的指控为所有指控基督教的后来者提供了范本：传教士秘密潜入帝国。基督教是异端邪说，标新立异。在儒学经典中找不到基督教的教义（天主教自诩它的道德体系要优于儒学的三纲常伦理）。基督教不承认皇帝是最高的精神权威。……
沈?嗟暮粲跛坪醯玫搅顺?了徐光启等人以外的大多明朝知识分子的响应。在中国，往往最保守的就是知识分子，而知识分子中最保守的就是“考试制度”熏陶下或控制下的秀才们。1617年，南昌300名秀才签署了一份请愿书，请求皇帝驱逐传教士，禁止天主教。在南京，沈?嗤?样得到了秀才们的支持。南京的“知识分子”们的独特贡献是，他们为传教士的罪状补充了新的标准罪状：男女信徒深夜聚会图谋不轨，更重要的是，信徒画十字是发动革命的暗号。这显然是一份具有中国特色的控诉。这些指控不仅是阴险的，在投皇帝之所不好方面也是精明的。沈?嗍だ?了，1617年皇帝发布了逐教令。传教士被关进监狱、被驱逐，而信徒被迫害。传教被视为非法。具有讽刺意味的是，臭名昭著的魏宗贤为首的“阉党”和沈?辔?代表的知识分子结成了同盟。不仅如此，“诗人和流氓的共谋”还成功地阻止了欧洲对明朝的军事援助，那时候，满人挥师入关已经准备就绪。
沈?嘞壬?的雄文后辑为《破邪集》，于1639年再次发表，长期以来，被唯物论知识分子奉为宝典。1624年4月19日，沈?嗨懒恕４?教士开始辛苦地在废墟上重新耕耘，汤若望和清顺治帝的亲密无间的关系标志着这场努力获得了相当大的成功。但在1659年，一个声名狼藉的文人开始发动反汤若望、攻击天主教的政治运动。这个人叫杨光先。“他的观点显示出他是一个充满仇恨的、顽固的，但又思维敏捷的人。”“他声称……他有先知先觉具有预言世间万物的力量。这一点使他在当时北京的女士中间受到普遍欢迎。”（George H.Dunne，1962）杨光先的反教事业首先得到了一位叫吴明?@的知识分子的支持。吴明?@是钦天监的官员，他因嫉妒毫无根据地指控汤若望（时钦天监监正）几次预报天象失误而受到过惩罚，甚至被判处死刑，由于汤若望的请求才免于死刑。汤若望的宽厚加深了吴明?@的仇恨，他“以他一知半解的天文学知识来支持杨光先。”同样具有讽刺意味的是，这次杨光先又得到了另外一位恶人的支持，这就是摄政大臣螯拜。在螯拜的支持下，杨光先于1664年9月15日向礼部控告汤若望，罪名是：汤若望的天文历书有错误、传教士以测绘地图的方式反对国家、传教士向人民灌输不良信仰……。其后螯拜开始逮捕传教士，朝廷开始新一轮禁教运动，教堂被关闭，教士被处死和驱逐，教堂的财产被查收。1669年康熙为汤若望“平反昭雪”，杨光先被解职。杨光先也出版了一本小册子：《不得已集》，在这里集中展示了他与天主教以及欧洲天文学斗争的“理由”。