但我们需要立即指出，施特劳斯的目的却并不是要专门或特别批判海德格尔。恰恰相反，他只是要指出海德格尔的思想乃代表“历史观念”和现代性的最彻底展开。事实上施特劳斯认为海德格尔的最大贡献恰恰在于他以彻底的“知性真诚”第一个指出在现代性下“伦理是不可能的”，从而以最大的勇气面对一个基本“事实”即西方现代性的底下是一个虚无主义“深渊”（abyss），而其他人如新康德主义文化哲学家卡西尔却不敢面对这一“事实”。施特劳斯最不同寻常之处在于他一再强调，从马基亚维里、霍布士、洛克、卢梭、康德、黑格尔、马克思、一直到尼采、海德格尔，所有这些现代思想巨人实际都是“共谋者”，亦即他们都在参与同一个伟大事业即“现代性的筹划”，不管他们之间有多少分歧，但在“筹划现代性”这一总方向上他们是完全一致的。而所有这些现代思想巨人的共同之处就在于他们都具有最彻底的“知性真诚”。正是这种彻底的“知性真诚”使他们日益深刻地展开现代性的逻辑，从而日益暴露出现代性的最大问题即虚无主义，由此现代性的最大反讽就在于：“理性发展得越高，虚无主义也就发展得越深，我们也就越无法成为社会的忠诚成员”（themorewecultivatereason,themorewecultivatenihilism,thelessareweabletobeloyalmembersofsociety）。施特劳斯从三十年代开始就认为，现代性的最深刻问题就是这一所谓“知性真诚”（intellectualprobity）或“哲学自由”的问题。早在他1930年发表的第一本著作《斯宾诺莎的宗教批判》中，施特劳斯已经指出，斯宾诺莎写《神学政治论》的根本关切和唯一目的就是要捍卫“哲学追问的自由”（freedomofphilosophing），斯宾诺莎对于当时的斯特劳斯来说就是“哲学”的化身。我们下面会看到，这一“知性真诚”或“哲学自由”的问题乃是施特劳斯政治哲学的中心问题。这里仅指出，施特劳斯虽然深刻批判现代性，但他同时对所有这些现代思想巨人怀有极高的敬意，其原因即在于他自己对“知性真诚”的认同。例如他一方面深刻检讨马基亚维里的问题，另一方面却又承认自己“情不自禁地热爱马基亚维里”。同样，他虽然对海德格尔后来与纳粹的关系深恶痛极，但他始终认为“我们时代的唯一伟大思想家是海德格尔”。
在施特劳斯看来，当代的一个通病往往是把现代性的黑暗面都归结给某些个别思想家，然后似乎现代性又没有问题了。他强调重要的不是要谴责个别思想家，而是要透彻理解“现代性”的基本性格和方向，才能真正了解为什么现代性的运动会从“第一次浪潮”（马基亚维里、霍布士、洛克等）推进到“第二次浪潮”（卢梭、康德和黑格尔、马克思），又从第二次浪潮推进到“第三次浪潮”（尼采和海德格尔）。尤其现代性的第二次浪潮和第三次浪潮也是现代性的两次大危机，其中卢梭、尼采、海德格尔都曾以最大的努力批判现代性而试图返回“古典”世界（例如尼采之高扬希腊悲剧，海德格尔之力图返回“前苏格拉底思想”），但施特劳斯认为由于他们都是向着现代“历史观念”的方向去努力，因此不但没有能够返回古典的自然世界，反而比任何其他人都更大地推进了现代性的方向。《自然正义与历史》一书即试图勾勒出现代性的这一方向并与“古典”思想相对照。但该书的结构却非常特别，全书除“导论”外一共六章，排列次第是：第一和第二章讨论当代，中间的第三和第四章处理古代，最后的第五和第六章则讨论近现代（马基亚维里、霍布士、洛克、卢梭、柏克等）。这一安排的结果是，全书结尾处恰恰回到全书的开头（从近现代到当代），亦即全书第一章的开头实际是接着全书结尾来的。全书的中心则是中间的第三和第四章，特别是从第三章到第四章的过渡，实际是从“古典哲学”到“古典政治哲学”的过渡。第四章因此是全书的核心所在，论述施特劳斯所谓“苏格拉底－柏拉图路向的政治哲学”。
施特劳斯这一章节安排的次第似乎暗示此书可以有几种不同的读法。除了最通常的从头读到尾以外，至少还可以有两种读法。一是可以直接从现代部分即第五章开始，即现代“天赋权利”说的兴起，随后是第六章“天赋权利说的危机”和历史观念的兴起，接下去从第六章返回第一章（当代），即从“历史观念”到十九世纪“历史学派”再到二十世纪的“彻底的历史主义”，而从第一章到第二章看上去似乎有点奇怪地转向韦伯，实际却是从彻底历史主义即虚无主义而指出虚无主义必然遭遇韦伯面临的“诸神冲突”的问题，或各种不可调和的“终结价值”的冲突问题。我们知道韦伯所谓“诸神冲突”的问题其实也就是罗尔斯力图用他所谓“政治的自由主义”来解决的问题，亦即一个社会具有多种彼此冲突而且不可能调和的终极价值取向时如何可能安排一个政治。罗尔斯真的可以解决韦伯无法解决的问题吗？这里可以暂且不论，因为施特劳斯并没有活着看到罗尔斯成名，但重要的是施特劳斯在五十年代提出的问题不仅是韦伯在二十世纪初面临的问题，而且同样是罗尔斯等无数人在二十世纪末面临的问题。而施特劳斯想提醒读者的其实是，“诸神冲突”的问题实际把我们带回到了“古代世界”的开端，因为人类古代首先面临的都是“诸神冲突”的问题。由此从讨论当代的第二章直接过渡到讨论古代开端的第三章也就非常顺理成章了。施特劳斯的全部思考实际就是认为，当人类走到现代性的尽头，实际也就必然会回到“古代人”在一开始就面临的问题。如果说海德格尔用诗歌的语言暗示了一个似乎“诸神共舞”的美妙的“前苏格拉底诗意世界”，那么不如说韦伯的“诸神冲突”的世界才是“前苏格拉底时代”的世界。这里因此也就可以考虑另一种可能的读法，即直接从第三章开始亦即从古代一开始的“非政治的哲学”开始，从第三章到第四章的过渡是要说明为什么“古代非政治的哲学”是不充分的，从而有第四章考察的“苏格拉底政治哲学”的兴起，以及“古典自然正义论”的三种形态，即苏格拉底－柏拉图的自然正义论，亚里士多德的自然正义论，以及中世纪基督教的托马斯的“自然法”。从第四章到第五章的过渡则是“古今之争”，即西方现代性对西方古典的反叛，从而有现代“天赋权利”的兴起，接着是天赋权利的危机、历史观念的兴起和走向彻底历史主义一直到诸神冲突，从而再度回到古代。施特劳斯刻意安排这样一个从今到古、从古到今的循环结构，自然是为了突出“古今之争”的问题，从而诱使读者去考虑：现代政治哲学真的高于古典政治哲学吗？现代人真的胜过古代人吗？这当然都只有读者自己去判断。