4、加强基建招标管理控制。部属商校基本建设项目基本上按照国家有关规定进行招投标，但在实际操作过程中存在一些人为因素，导致评标过程缺乏公正、合理、透明的程序，往往几个人甚至一个人说了算，招标工作很容易成为少数人自身利益分割的场所，由此出现了在同等条件下不选质优选质劣、不选价优选价高的现象。学校应成立招标领导小组，建立招标专家库，以监督基本建设项目招标工作。招标领导小组以分管校领导为组长，由审计、监察、计财、基建部门等负责人组成，主要负责学校基建项目的具体招标工作、审定招标方案、考察和确定投标或邀标单位、审查评标结果：招标专家库由有基本建设相关专业资质并在省招标中心注册登记的校内专业人员组成，负责向基建招标领导小组提供专业技术支持并代表校方作为基建项目招标评委。
5、严格实行合同会审控制。商校基建项目应严格按合同管理，签订的合同条款内容要全面、文字表达要清楚，特别是合同价形式、物价浮动因素、政策调整因素、双方的承诺及主材的供贷方式等都应在合同中明确，以便在合同履行中控制价格。学校还应成立由法律顾问、审计、监察、计财、基建部门等负责人组成的基建合同会审小组，主要负责参与相关基建合同谈判，提出合同审核意见，负责监督合同执行与变更管理，并负责基建过程中的监督、审计和法律咨询工作的聯系与协调。
6、实行造价审计控制。对工程决算实行“初审、终审”二审制度，严格控制工程成本。初审是由基建处工程管理人员和预决算人员对施工单位报送的原始资料如图纸会审纪要、设计变更记录、现场隐蔽工程纪录等的真实性、完整性进行检查，同时对工程量的计取、定额套用是否与标书中要求一致，以及甲方所供设备、材料有无重复计算等进行审查，是为降低工程成本把好的第一关。终审是学校审计处通过招标，选择有资质的中介事务所对工程造价进行审计，并出具审计报告，财务人员据此作为结算依据。
三、完善高校基本建设财务管理内部控制
财务部门要做到管理规范、运作有序、监督有力，就要建立健全各项财务规章制度，严抓内部控制制度。
1、单独设置财务管理机构，建立会计岗位责任制。根据《教育部直属高等学校基本建设资金管理办法（试行）》的通知：各直属高校应建立、健全与基本建设资金管理任务相适应的基建财务机构，配备具有相应业务水平的专职财务人员，具体负责基本建设资金管理并保持相对稳定。各部属商校应单独设立基建财务部门并科学设计内部业务流程和岗位，对资金的请款、拨付、会计凭证的审核、账务的处理、印鉴的保管以及票据管理等按照不相容职务相互分离的原则，建立全方位的内部控制体系。同时还应公开办事程序、办事制度及原则，接受群众监督。
2、制定完善的财务规章制度。《基本建设资金报销程序及审批权限管理办法》，对报销程序及审批权限作了明确规定：大额资金的支付除提供合同外还应提供各监督部门、各级校领导签批的会审表，进度款的支付要提供有施工管理人员、预决算人员、监理人员、职能部门负责人签字的工程进度会签表，其他费用支出按规定标准实行定额控制，严格审批手续，避免或减少不合理支出。
3、建立一套完整的内部监督体系。为确保学校内部会计制度切实执行，校内审计部门应定期检查，以及时发现内部控制中的漏洞，并针对出现的新问题和情况及执行中的薄弱环节，及时修正或改进控制政策，做到有章可循，违章必纠，以提商会计信息质量。
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