尽管政府主导型的制度变迁存在着上述种种优点，但是由于“统治者的偏好和有界理性、意识形态刚性、官僚政治、集团利益冲突和社会科学知识的局限性”（注：林毅夫：《关于制度变迁的经济学理论：诱致性变迁与强制性变迁》，载R·科斯、A·阿尔钦、D·诺斯等著：《财产权利与制度变迁——产权学派与新制度学派译文集》，上海三联书店、上海人民出版社1994年新1版，第397页。），它也存在着自身无法克服的缺点：(1)政府主导的自上而下的制度变迁很难适用于所有地方和所有领域。政府（中央政府）主导的制度变迁不以一致性为原则，而是通过国家的强制力自上而下地予以落实。但是，中国是一个幅员辽阔的国家，各地区之间的资源禀赋不同，社会环境和发展机遇也不一样，如果整齐划一地推行中央的制度安排，就有可能违背一些地方的利益，这些地方就可能不按这些制度规范自己的行为，从而使这些制度很难有效率。这是产生“上有政策，下有对策”现象的原因之一。(2)政府主导的制度变迁方式容易抑制个人自愿合作的制度变迁的产生。制度安排有两种：一种是基础性的制度安排，具有公共物品的性质，是公共选择的结果；另一种是第二级制度安排，具有个人契约的性质。一般而言，政府在制度变迁中的作用主要是创设、修改和完善基础性的制度安排，因为这种安排需要大量的费用和多个主体的“一致同意”，要借助于政府的力量。而第二级的契约制度安排，则具有经济性、自发性和自愿性的特点，涉及的主体少，所需费用低于基础性制度安排，因此，它应是个人之间的事。但是，目前我国政府的一些活动已渗透到了契约性制度安排方面，出现制度供给过度的现象，如政企不分、政府过多干预市场等。其后果必然是不利于契约性制度变迁的培育和生成，阻碍市场化的发展和完善。(3)政府在制度变迁中拥有过大的权力，会导致制度寻租现象的产生。如一些人抓住指挥部门经济的行政权力不放，力图维持“垄断租金”；一些人利用价格双轨制及审批特权牟取私利；一些人利用手中的部门管理权力实行各种摊派；等等。
二、渐进式的制度变迁
在由计划到市场的制度变迁过程中，目前世界上主要存在两种方式：一种是激进式的，如俄国和其他东欧国家；另一种是渐进式的，如中国。一个国家究竟选择哪一种方式，取决于改革的约束条件，因为它“界定了改革战略的选择空间”，“有关制度主体就只能从被限定了的选择空间出发，来确定改革战略”（注：苗壮：《制度变迁中的改革战略选择问题》，《经济研究》1992年第10期。）。这些约束条件主要包括改革的初始条件和改革成本。关于中国改革的初始条件，按照林毅夫等人的分析，主要是：经济结构严重扭曲和管理体制缺乏效率，而不是经济崩溃和政治危机，这就要求要进行坚决的改革，通过改革来改进经济结构和提高效率并使其成果迅速转化为收益，但并不需要采取俄国和其他东欧国家那样对旧体制一下子推倒重来的创世纪式的变革；改革前经济中存在着一定范围的市场作用，价格扭曲程度相对较低，相对小的价差使我们得以承受双轨制，并利用之实现价格体系的根本转变；旧体制下的分权传统和改革之初的财政包干，有利于实行分权化改革，调动地方的积极性；（注：林毅夫、蔡ｆǎｎｇ＠①、李周：《论中国经济改革的渐进式道路》，载盛洪主编：《中国的过渡经济学》，上海三联书店、上海人民出版社1994年版，第200～202页。）中国经济上的二元性，如乡村－城市二元性、组织上的二元性、地域上的二元性等，使中国不可能通过激进的改革一下子建立全国统一的大市场（注：华民著：《转型经济中的政府》，山西经济出版社1998年版，第17～18页。）。关于改革成本，樊纲把它分为两种：一种是“实施成本”，即搜寻、学习新制度安排、为改变制度而重新签约的成本；一种是“摩擦成本”，是因利益冲突而导致的损失。他提出，实施成本是改革激进程度的减函数，而摩擦成本则是改革激进程度的增函数。改革进程开始得越早，越是在旧体制下经济还没有彻底恶化的时候就开始改革进程，一个社会就越可能走上“渐进改革”道路。越是顽固地企图保留住已经被事实证明是无效率或不再是有效率的旧体制，把改革的事业一拖再拖，越容易走上“激进”的道路。（注：樊纲：《两种改革成本与两种改革方式》，《经济研究》1993年第1期。）中国的改革属于前一种情况，而俄国和其他东欧国家则属于后一种情况。正是这样的初始条件和改革成本的制约，使中国选择了一条渐进式的制度变迁道路。其主要特征表现在3个方面：