科学、规范地编制综合预算，是预算管理制度改革的一项重要内容，要做到这一点，在收支计划的安排上，就必须不受外来干扰，真正体现“一盘棋”的思想。然而，从目前现状来看，地方财政在年度预算编制和执行中总要受到很多条条框框的限制，无法真正掌握地方一级政权在预算编制中的主动权，尤为突出的主要有四大难题。
难题一：预算安排收入计划与税务机构下达征收计划脱节在财政预算收入计划中，主要来源在于税务部门这一块。税务部门征收的税款中绝大部分是当地税收，也是当地可用财力的主要构成部分。然而每年在安排税务部门收入征收计划中，地方政府和财政部门均处于被动的地位。由于税务部门机构垂直管理，没有体现分税制关于分级管理和事权与财权相统一的原则，影响了市、县地方政府职能的完整性。地方安排预算时确定了财政收入目标，这是地方安排当年支出预算的基础，但是由于税务机构实行垂直管理，年初也下达计划，造成了地方人大通过的预算指标与税务机构下达的征收指标互相脱节。一般来说，地方人大通过的预算指标往往大于税务机构上级下达的征收指标，从某种意义上讲，税务部门只要能完成其上级下达的征收任务，完全可以不考虑地方人大通过的预算指标，因为其主管部门是上级机构而不是所在地政府，这就为税务征收机构“开口要价”提供了条件，税收的成本也就高居不下。
难题二：定性指标和目标性定量支出过多过滥定性指标和目标性定量支出是指以法律、部门法规、政府文件和各种形式的“达标”活动，规定各级政府或财政部门，必须将其财政资金的一定比率专项用于规定的支出项目。如《农业法》、《教育法》、《科技法》等规定，地方各级政府用于该方面的投入应当高于经常性财政收入增幅，环保、卫生、计划生育、文化宣传、扶贫等方面的法律法规，也都规定相应项目的支出增长要超过正常性财政收入增长，或者规定占财政支出的比重，或者规定要占国内生产总值的一定比例。 比如，支农支出增幅应高于财政收入增幅，科技投入要求占财政支出的3%，卫生经费支出要求占财政支出的8%，文化事业支出要求占财政支出的1%，等等。由于大量的预算资金被预先指定了用途，财政部门不能根据需要灵活调度，以便在各支出项目之间取长补短，统筹安排，最大限度地发挥财政资金的整体效益，由此对预算的规划与调度造成很大冲击。更主要的是，由于定性指标和目标性定量支出过多过滥，而且每一项法定支出背后都有一把“尚方宝剑”，要求财政部门必须遵守执行，以至在预算规划和调度过程中，财政部门处于无所适从的境地。以潮州市目前的情况来看，地方的财政收入表面看来是逐年增长，但实际上其中真正能够自由调度的资金却十分有限。如果要完全落实定性指标和目标性定量支出要求以及人员工资，即使其他项目一点都不开支，全部财政资金也不足以满足人员工资以及定性指标和目标性定量支出项目的资金需求。这样一来，作为具体负责编制和执行政府预算的财政部门，除非成为“占石成金”的魔术师，否则就不得不以故意“执法违法”的方式从事预算规划和调度活动。
难题三：配套资金难于落实配套资金主要是指中央和省在下达的地方专项资金的同时，要求地方市、县级要相应配套安排的资金。由于每年市、县级均应配套的资金占了一定的比重，从财力角度考虑，显然是难于落实的；但从项目的资金投入来讲，上级已经下达了指标，给予了支持，不与之配套又说不过去，确有“巧妇难为无米之炊”之感。另外，在年初编制预算计划过程中，不可能专门留下一块资金应付专项的配套，能不能留？该不该留？留多少？这些都是编制预算时碰到的难题。中央和省下达的专项资金中需要地方资金配套，这对于一个发达的地级市来讲，是不成问题的；但对于一个欠发达的、辖下均为山区县的地级市来说，那就另当别论了。“一刀切”地要求资金配套，对于“吃饭型”的地方财政来说，是难于承受的。