1、争议观点之一：发展加工贸易我们收入太少、外商收入太多，政策上不应予以鼓励
众所周知，所谓加工贸易简单讲就是外商提供设备、原材料，以保税状态入境，并租用我国厂房、土地，使用我国劳动力、企业营业执照进行生产加工、然后出口。其中外商仅需支付租金和工缴费。这是一种典型的大进大出、两头在外式的贸易。经验估计，我国每加工出口100美元，其中我国企业租金和工缴费所得在10 - 15%，其余大部分都是外商在进口和出口中的收入。
改革开放初期，当时我国资金少、外汇奇缺，发展加工贸易可解决燃眉之急，将赚取的外汇用于急需进口的技术设备等，当然有利于我国经贸全局的发展。当时作为权宜之计大家并未提出疑问。但随着我国外汇紧张的问题逐渐缓解，80年代后期人们开始质疑加工贸易政策，提出上述问题。一时间对加工贸易提出不同观点左右了舆论，也左右政策，加工贸易发展势头受到削弱。但不久赞成派的声音渐高，提出的主要论点是加工贸易可以增加就业，不需我国企业投资很多，见效却很快。此后随着赞成派观点逐渐占上风，加工贸易也随之进入一个新的发展期。
2、质疑之二：加工贸易发展的多数是劳动密集型产品出口，技术上国内完全可以自己生产，与其让外商赚钱，不如我们自己做
据了解，直至90年代中期我国加工贸易产品仍以劳动密集型产品占多数。例如，鞋帽、箱包、玩具、纺织品和一些日常生活用品等等，也有少量的电器出口。显然那些提出质疑的观点有一定的说服力。特别是当时还有一些质疑吸引外资政策的观点，认为外资企业在优惠的政策环境下，与民族工业竞争，使民族工业地位下降，今后中国经济发展还要不要民族工业。
众所周知，外资企业投资经营加工贸易的现象很普遍。所以当时加工贸易受到的质疑是双重的。由此我国加工贸易政策再次出现摇摆，政府出台了保证金台帐制度和加工贸易区政策，对加工贸易发展有所约束。但外商对加工贸易提出了自己的观点，他们认为在市场经济条件下，企业的营销是关系企业生存与发展的关键。一个企业如果拿不到客户订单，它有再好的技术、再多的投资，买不出去产品也等于零。毫无疑问当时的中国广大内资企业对市场经济的理解与国际同行比有一定差距。内资企业与跨国公司竞争，能拿到多少订单确实是个疑问。而外资企业不在中国发展还可到其他国家发展，特别是将加工贸易转产并不十分困难。经过一场辩论发展加工贸易、吸引外资政策再次得到认可，加工贸易也进入了新的快速发展期。
3、争议之三：加工贸易给走私提供了可能
1998年是中国打击走私力度最大的一年，而出问题多的也是发生在加工贸易环节。当时我国加工贸易不仅在沿海地区全面铺开，而且在中部地区深加工结转也逐步增加。这为海关监管带来了新问题，在海关人员监管顾及不到之处往往被走私商趁机而入。由此引发了人们对发展加工贸易的利弊争论。结果政府执行了更加严格的加工贸易政策。加工贸易发展再次受到制约。
此后中国加工贸易的发展迎来一个全新的时代。
九十年代后期，世界产业结构大调整，中国经济在东亚金融危机中经受了考验，克服了种种困难，迅速走出谷底，良好的经济环境被国际上广泛认同。特别是一大批台商到东莞投资具有典型意义。他们多数以代工形式加工组装大量的IT产品或者是零部件然后出口。由于IT产业越聚越多，相互配套效果逐渐显现，将各个加工厂产品组装起来生产出像电脑那样的成品、然后出口的现象也越来越多。事实上不仅在东莞，在许多经济特区、经济开发区和高新技术产业开发区等外商投资企业聚集的地方，加工贸易企业相互配套可能性越来越高，也日益成为现实。如果说过去加工贸易各个工厂相互协作、配套的可能性极低的话，今天经过20余年发展，中国累计吸引外资已经高达四千多亿美元规模，其产业聚集效果、相互配套的可能性已经发生根本性转变。