农村税费改革以后，随着乡镇政府自主性的不断丧失，对上级政府（和国家）的依附性积累，乡镇政府将极有可能完全纳入国家的官僚体系之中，其结果将不难想象：一是“国家”对乡村社会的挤压，必然阻遏乡村社会自治式民主的进一步扩张和发展。二是国家与基层民众之间缺少必要的调节、缓冲和磨合的“中介”组织（机制），二者之间不可避免的矛盾或冲突将会处于“短兵相接”的状态之中。一旦发生这种情况，就比较难以解决彼此的矛盾或冲突。然而，此前的乡镇政府却在一定意义上扮演着介于国家与基层民众之间的一种“中介”角色，对于缓解、调节国家与基层民众的关系起着不可替代的作用（也正因为如此，乡镇政府有时候就成为一种必要的“牺牲品”――基层民众将他们的不满撒在乡镇政府的头上，而国家则可以置身事外，处于一种超然的地位上）。三是增加国家的统治成本。农村税费改革切除了乡镇的制度外财政，国家就必须加大对乡镇政府的转移支付力度 ，加重国家在农村基层的统治成本。然而，国家的财政能力毕竟有限，如果国家的转移支付弥补不了乡镇财政的缺口和从根本上化解乡村债务，乡镇财政就不得不再次在体制外寻求收入来源，如此一来，农村税费改革就会功亏一篑，而不幸被人言中，重蹈历史上历次税费改革之覆辙。或者，国家以正式的税收形式进一步提升对乡村社会的汲取能力，以此来保障乡镇政权的运行。不论是前者还是后者，都将对乡村社会发展造成不言自明的负面影响。
五、余论及改革建议
每项改革都会产生一些积极的作用，同时也会产生一些负面的影响，农村税费改革亦不例外，而且许多负面影响并非农村税费改革本身所致，而是由于相关的配套改革没有及时跟上造成的。很显然，单纯的农村税费改革很难取得成效。在进行农村税费改革的同时，还必须进行乡镇公共财政改革、乡镇自治式政治改革和政府间的分权式体制改革。
（一）乡镇公共财政改革，就是要消除县乡之间偏重的财政承包体制，将乡镇财政建设成为一级自主性公共财政，使乡镇财政真正担负起本社区内公共品生产、服务的职能。然而，目前的乡镇财政却承担了大量本应由上级政府和国家负责的事务，结果导致乡镇财政支出不断增长，乡村人民必需的公共品和公共服务得不到满足，农民负担加重，乡镇机构大肆膨胀等一系列问题。如果各级政府都能自觉担负起属于自己相应层次的公共品生产和服务的职能，一些不必要的乡镇机构、组织（过去有不少乡镇机构、组织是上级政府及其职能部门基于自身利益要求而设立的）也可随之撤销，乡镇政府就会因此减少大量的（外部）财政支出。
另外，还必须保证乡镇财政有比较稳定的收入来源。从安徽省农村税费改革来看，农业四税很难满足乡镇财政的基本公共开支需要。市场化改革以来，农村社会也出现了较大的贫富差距，国家可以因时开征所得税、财产税和遗产税等调节性税收，将乡镇范围内的这些税收全部作为乡镇的财政收入。或者，增加国税收入的乡镇分成比重。同时，还要建立和健全转移支付制度，支持地方进行公共建设。
（二）要想消除县乡之间偏重的财政承包体制，建立乡镇自主性公共财政，就必须同步进行乡镇自治式政治改革。乡镇自治式改革，并不是撤销乡镇政权，实行完全的“乡镇自治”。而是建立和扩大有效的乡镇人民直接参与乡镇政治的机制，增强乡镇政府的自主性和自我治理能力。如果不能建立有效的民主参与机制，乡镇财政就容易偏离乡村公共品生产和服务的职能，而成为少数人腐败的温床。“要使乡镇财政提供的服务满足辖区内农民的需求，就必须在农村进行民主制度建设，让农民有表达偏好、监督公共品生产和服务的机制，使乡镇政府受社区农民约束，执行农民的意愿”，诚如有学者所分析的，乡镇财政之所以偏离公共财政职能，其主要原因是“乡镇政府以服从上级政府而不是辖区内农民的意愿为主，社区农民缺乏显示偏好、监督和评价公共品生产的可操作程序，缺乏参与公共事务决策的实际权利”。 而乡镇政府之所以会“听命”（服从、依附）于上级政府，是因为他们的权力直接来源于上级而非乡村人民，因此，要想改变这种状况，就必须首先改变他的权力来源问题，即乡镇政府应该由乡镇人民直接授权建立。