事实上，乡镇政府几乎从来都不是一级完备（或完全）的政权组织：一是条块分割的管理体制严重削弱了乡镇政府的权能。诚如一些人所指出的那样，“乡镇政府名为一级政权，实际上是一个空架子，根本无法领导和管理本区域内政治、经济、教育、科学、文化和社会各项事业，缺乏应有的权威、效能和社会凝聚力。……通过（县级设在乡镇的）分支机构，瓜分和肢解了乡镇政府的职能，侵夺了乡镇必要的自主权，使宪法和地方组织法赋予乡镇政府的大部分政权化为乌有” 。二是自主性阙如的乡镇财政制约了乡镇政府的实际“作为”。如前所述，在偏重的财政承包体制中，乡镇财政实际上依附于县财政，它并非责权统一的一级实体财政。而且，乡镇财政一般都是实行双重领导制，乡镇财政组织名义上属于乡镇政府，但其人事权和主要业务则由县级财政部门掌握。三是乡镇政府缺乏应有的人事权和行政执法权。乡镇政府的人事考核、政绩评定、职务升迁等基本上掌握在上级组织部门手中。而乡镇政府的行政执法权（如公安、司法、计划生育执法权等）大多也是直接或间接掌控在上级政府有关职能部门手中。通过这些体制性设计，使乡镇政府沦为县政府的附庸或事实上的派出机构。
农村税费改革则会进一步剥夺乡镇政府的自主性。在农村税费改革之前，乡镇政府由于存在制度外财政，至少具有体制外的部分自主性。乡镇制度外财政的存在及其扩张，实际上是乡镇政府自主性要求的一种异态反映。农村税费改革的一项基本内容就是取消乡镇的制度外财政，将乡镇财政纳入规范化和制度化管理之中，这就意味着乡镇政府体制外的部分自主性也将完全丧失。
正如本文首先所阐述的，农村税费改革对乡镇财政的影响是双重的，一方面是乡镇财政的规范化，另一方面则是乡镇财政面临严重的收支缺口和债务压力。在规范化财政的约束下，乡镇政府为了缓解自身的财政压力，就只能仰赖国家财政的转移支付和上级财政的资金支持，从而加重了他对上级政府乃至国家的依赖性。乡镇政府对国家依附性的累积，将对整个乡村政治社会的发展产生深刻的影响，并导致一系列后果。
首先，乡镇政府将会进一步“官僚化”（bureaucratization）。“官僚化”是国家基层政权建设（state making）的一部分。近代以来，各种国家政权都试图在县以下设立各种正式和非正式的政权组织，加强对乡村社会的渗透和控制，但是，其中不少尝试和努力都因为各种各样的原因而没有取得预想的成效。即使在高度集权的人民公社体制中，乡镇政权也未完全实现“官僚化”，以至国家不得不通过诸如“三反”、“四清”等经常性政治运动来清除“异己”分子 ，确保国家意志在农村基层的顺畅贯彻。这种没有任何政治自由和公民权的基层政治制度最后终于被历史所抛弃。随之而来的是，以村民自治为主要内容的乡村基层政治民主的扩大和发展。农村税费改革通过规范乡镇财政的预算管理，以及国家对乡镇政府的转移支付制度的建立和加强，乡镇财政将被完全纳入国家财政预算管理体系之中，乡镇政府势必因此而整合到国家的政治体系之中，成为国家机器的一个组成“元件”。
或许有人会说：乡镇政府本身就是一级国家政权组织，理所当然是国家机器的一个组成部分。然而实际的情形却不尽然：首先，乡镇政府的干部绝大部分都出身农村，他们的父辈、亲人都是农民，其中还有不少干部是土生土长的，无论在情感上还是在实际的交往中，他们都与农民结成了纷繁复杂的关系，因而他们与其上的各级政府的“官僚”并不相同――他们往往会考虑农民的切身利益，或保留、或变通、或阻挠执行国家的某些政策、法令。更为重要的是，乡镇政府与其上的任何政权组织都不同，他直接面对乡村人民而治。这种面对面（face to face）的治理形式，决定了乡镇政府必须摆脱衙门式的官僚作风（以及正式而严格的等级制度），保持较高的亲民性。换言之，像乡镇政府这样乡村基层组织的合法性权威，必须建构在乡村“权力的文化网络”（culture nexus of power）之上。诚如杜赞奇所言，“在组织结构方面，文化网络是地方社会中获取权威和其他利益的源泉，也正是在文化网络中，各种政治因素相互竞争，领导体系得以形成”。乡村文化网络“不只是角逐权力的场所，也不只是接近各种资本的工具，它还是正统和权威产生、表现及再生的发源地” 。正是基于这些原因，乡镇政府最好是国家意志和民意的结合物。他既是国家设在乡村社会最基层的政权组织机构，同时又是乡村社区治理的主体单位，代表乡村人民进行自我治理。这就要求他必须具有一定的自主性。