另外，还有乡镇财政的负债问题。据安徽省财政部门的调查，全省乡镇一级财政负债平均达300多万元。乡镇举债的绝大部分是前几年农村基础教育达标和发展乡镇企业引起的。尽管这些债务是在农村税费改革之前就已发生，并非农村税费改革造成的，但是，由于农村税费改革形成的乡镇财政政策性缺口、收支结构及其预算管理的规范化的刚性约束，这些改革前留下的乡镇债务问题就没有消解的希望，原本失衡的乡镇财政，背负着如此沉重的债务重担，启能支撑多久？！
三、乡村公共品、农民负担与乡镇政权的合法性问题
农村税费改革的直接目的是减轻农民负担。这场改革的矛头似乎主要对准乡镇政府，因为在一般人眼中，乡镇政府是加重农民负担的“罪魁祸首”，国家的政策始终是好的，如果乡镇政府严格按国家的政策行事，就不存在所谓的农民负担问题。实际的情形好象也是如此，往往是乡镇政府在政策之外添列了不少农民负担的名目，并且是乡镇政府直接到农户家里强行征收，由此造成的干群冲突也集中在乡镇一级，乡镇政府往往是农民上访、控告的主要对象。日益恶化的农民负担问题和逐渐升级的乡村干群冲突，不但影响了农村社会的稳定，而且还危及农村基层政权的合法性和国家的统治权威。
农村税费改革的深层目的，就是重建国家在农村社会的合法性基础和统治权威。因而，从这个意义上来说，与其说农村税费改革是农村分配关系和经济利益的调整，毋宁说是国家在农村社会基层政权重建（state re-building）的一种尝试和努力（能否取得实际的效果，后文将继续讨论）。这种努力，主要是通过这样两个途径达成的：一是取消一些不合理收费项目，将另一些收费项目并入农业税收中合并征收，从而将农民负担降低并控制（或固定）在某一可以接受的范围之内，农民由于获得实际的经济利益（实惠）对“国家”增进了信任和拥护；二是取消乡镇财政的非预算收入，将乡镇财政的收支纳入预算管理。在随后的改革中，又将乡村教师的工资收归县财政统一发放，并对乡镇财政实行“零户统管”。这些措施的良苦用心显而易见，说白了就是规范和约束乡镇政府的行为，以免他们向农民乱收费、乱集资和乱摊派。
总而言之，乡镇政府成为众矢之的，不但农民对他愤懑，“国家”也不信任他。甚至，在个别地方（如陕西省 ）还撤销了乡镇财政，认为乡镇财政是乡镇政府腐败的温床；不少学者也主张虚化或撤销乡镇政权 。在他们认为，撤销乡镇财政、虚化（或撤销）乡镇政权，不但可以从根本上治理农民负担问题（他们认为农村税费改革只是短期的治标之举），而且还可以渐臻理想的乡村自治之境。
固然，乡镇政府在农民负担问题上负有不可推卸的责任。但是，如果进一步从财税体制、县乡政权的结构关系等制度层面进行分析，实际的情形并非如此，乡镇政府也有不得已的苦衷。
首先，从财政上而言，县乡之间始终是一种事实上的“财政承包体制” 。这种承包制由于“游戏规则”的制定权掌握在上级政府手中，下级政府始终处在被动、服从的不平等地位，因此，它始终是有利于上级政府，以保证上级政府收支为基本前提。其结果是“乡镇财政高比例的收入上解和返还补贴”，缺乏财政自主权的乡镇政府在巨大的支出压力下，不得不在制度外“另辟蹊径”谋求资金收入。在乡镇企业比较发达的地区或地处城市郊区的乡镇，这些制度外收入可以从乡镇企业剩余或土地收益中获得；而在广大以农业收入为主的农村地区，乡镇的这些收入就只能在农民头上直接征收，这样就必然形成“一税轻，二税重，三税四税无底洞”的现象。
1994年实行的“分税制”改革，又在某种程度上加剧了县乡之间财政承包体制的偏重倾向。鲍尔认为：“中国的分税制财政体制，实际上是一个把国家流转类税收和对利润所征税收在中央、省和省以下地方政府之间分享，再辅之以各级政府自上而下有条件的专项拨款的体制。最终进入地方政府预算的地方税收收入取决于中央确定的税基、税率、税收征管、地方政府的收入任务和收入分享公式。” 尽管这种税制改革的初衷主要是调整和规范中央和地方的财政税收关系，扭转过去中央财政收入偏低的局面，加强中央政府的整体调控能力（包括对地方政府的控制能力） ，但是，这种做法却被地方各级政府自上而下所广泛效仿，其结果必然是财力自下而上逐级向上集中。更糟糕的却是，分税制改革仅仅停留在税收和财政层面上，没有适时进行相应的政治分权改革（即在各级政府间合理划分财权和事权），以至最终形成财力日益向上集中，事权却逐级下移的局面。乡镇政府作为最基层的一级政府，所谓“上面千条线，下面一根针”，事无巨细最终都会落在乡镇政府身上。由此不难理解，为什么到了90年代中后期农民负担问题愈演愈烈，乡村干群冲突几乎达到白热化的程度。