三是跨学科交叉研究中不同学科的交流问题。这是跨学科交叉研究中深层次的方法论基础问题。著名科学哲学家托马斯·库恩认为，相互竞争或对立的科学理论之间是不可通约的，不同学科共同体所使用的语言也是不可翻译的。既然如此，在跨学科交叉研究中，社会科学的不同学科如何做到充分完全的交流，各学科的概念、理论和方法如何真正得以融合贯通，就成了一个值得深思的方法论基础问题。
对于跨学科交叉研究中遇到的这些问题，国外学者做了不少研究。他们认为，在学科与跨学科研究之间，形成某些难以解决的“悖论”。美国学者J·T·克莱因在《跨学科的历史、理论和实践》中指出：学科的局限，与跨学科研究为打破这种局限，必然出现“悖论”；法国学者J·P·雷斯韦伯在《跨学科方法》一书中认为，跨学科方法反对学科的垄断，打破了科学的传统的统一体系，动摇了以分化为主旨的科学体系，但同时又在进行新的分化，跨学科研究出现了一种悖论。
如何解决跨学科研究中遇到的这些问题？1991年联合国教科文组织发起召开的第二次国际跨学科会议所发表的《巴黎宣言》提出了这样的思路：跨学科研究并不寻求建立科学与传统之间的结合，而是探求使两者相互作用的方法，使两者在高度差异的基础上统一；日益显著的专业化趋势已把科学与文化分离了，跨学科性在承认专业化价值的同时，力求通过重新创立文化的统一和重新发现生活的内在意义而超越这一价值。的确，面对社会科学的杂交化整体化不断加强、而传统的学科专业分工依然起作用这两者并存的局面，正确的做法应该是，在承认专业分工的差别的基础上，注重跨学科交叉研究，加速各学科的融合与统一。
当代西方社会科学的跨学科交叉研究及整体化趋势，对于当前我国社会科学的发展、尤其是社会科学的教学与研究体制的改革与创新，具有重要的借鉴与启迪意义。改革开放以后，我国的社会科学领域（包括经济学、社会学、政治学、法学等）研究与教学得到了恢复与发展，学术研究、学科建设和理论应用都取得举世瞩目的成就，与国外的交流与合作不断加强，我国社会科学的研究与教学日益与发达国家同步、接轨；社会科学的跨学科交叉研究及整体化也在逐步成长壮大，涌现出大量交叉、综合、边缘、横断学科，科学技术与社会研究、管理科学、未来研究、政策分析、区域研究等已成为当代社会科学研究的生力军。
但是，毋须讳言，我国社会科学的研究与教学中一直存在着一些障碍性的因素，妨碍或制约社会科学的研究与教学的进一步发展与突破。这些问题或障碍主要有：一是体制僵化、臃肿、缺乏活力。各系、所、学院（研究院）一直沿用传统的社会科学的专业分工设置，这些研究与教学单位彼此分割，相互封闭，自成一统，没有足够的联系沟通的机制与渠道；二是社会科学的学科、专业的划分过细、过杂，学科专业设置老化，教学内容也相对陈旧；各学科之间没有充分的交流与融合，跟不上当代社会科学的杂交化、整体化趋势发展的步伐；三是社会科学研究及教学，与社会实践、社会需要脱节，不少社会科学工作者仍然习惯于在大学或研究所的“象牙塔”做“纯”学术研究，不愿意、或无力从事现实社会问题的研究与解决；而另一方面，政府、企业和社会仍然不懂得充分利用社会科学的研究成果来为决策与管理服务，学界与政界、企业界及社会之间，并未真正形成中介或桥梁。
面向21世纪的中国社会科学必须克服这些困难和障碍。一种可供参考的思路是，跟踪、研究当代国外社会科学中的跨学科交叉研究以及杂文化整体化的发展趋势，借鉴其成功和合理之处。例如，大力发展交叉、综合性新学科，加大应用性研究的比例；加强社会科学各学科之间的合作与交流，设立大量的跨学科研究中心或研究所，创建注意社科知识应用的思想库；调整社会科学的学科、专业及课程设置，扩大一级学科的比例，减少二级学科（专业）的数量；更新或充实社会科学各学科专业的课程内容，增加按一级学科设立课程的比重，引入综合、交叉、前沿的学科知识及方法论等等。