但是，随着儒家思想独尊地位的确立，它作为官方意识形态，无可避免地出现了严重的教条化、绝对化的趋向，又不能不反过来影响到对屈原诗学精神的认识和论述。东汉著名的作家和学者扬雄对屈原的命运是悲悯而同情的，但他对屈原投江而死的人生抉择，却感到颇为困惑不解。据《汉书·扬雄传》记载：“（扬雄）又怪屈原文过（司马）相如，至不容，作《离骚》，自投江而死，悲其文，读之未尝不流涕也。以为君子得时则大行，不得时则龙蛇，遇不遇命也，何必湛身哉！乃作书，往往摭《离骚》之文而反之，自岷山投诸江流，以吊屈原。”在汉代，对屈原投江之举产生困惑之“怪”的，扬雄并不是第一人。早在西汉初年，著名辞赋作家贾谊因为群臣嫉妒而招致汉文帝的疏远，在他不得不远离京城、赴任长沙王太傅、途径湘江的时候，曾写下情词痛切的《吊屈原赋》，其中就有“所贵圣人之神德兮，远浊世而自藏”等诗句，所以司马迁在《史记·屈原贾生列传》中说：“及见贾生吊之，又怪屈原以彼其材，游诸侯，何国不容，而自令若是。”不同的是，贾谊之“怪”，在痛惜悲悯之余，仅限于困惑不解；而扬雄之“怪”，则于同情哀伤之外，多少包含着一些责备屈原不该自寻绝路的意味。当然，两者之“怪”，毕竟都是以相似的坎坷遭遇为前提、以感情上的强烈共鸣为基调的，尽管外在的表现形式有所差异。
到了东汉，以正统思想著称的班固，常常把儒家精神加以近乎生硬和偏执的理解与发挥，这不仅影响到他的《汉书》的写作，也影响到他对屈原的评价。从他所留下的《离骚序》一文来看，尽管他并不否认屈原作品“其文宏博丽雅，为辞赋宗”的艺术成就，却基本否定了屈原的人格品质，认为：“今若屈原，露才扬己，竞乎危国群小之间，以离谗贼，然责数怀王，怨恶椒兰，愁神苦思，强非其人，怨怼不容，沉江而死，亦贬洁狂狷景行之士。”并指出刘安等人对屈原的高度评价“似过其真”。实际上，也就连带否定了屈原的“发愤抒情”的诗学精神。在儒家思想上升为官方意识形态、广泛影响社会生活诸多领域的时代，班固当然不会不知道，“（诗）可以怨”是《诗经》以来的创作传统，也是孔子提出的理论主张，但他既然对儒家思想作出极端化的理想，并以此为准绳，来规范非常富于个性化的屈原作品，那么他对屈原的人品诗风颇多微词，也就不难理解了。美国学者巴腾·威特生曾经指出：“由于儒家思想在传统上憎恶对抗精神的任何表现，班固的指责带有很大的份量，在由此产生的长达数百年的论辩中，出现了大量的非议之词。”[8]然而，儒家思想传统本身并非铁板一块，也不是笼统地“憎恶对抗精神的任何表现”，而包含着非常丰富和复杂的内容，班固这种过度偏狭的观点，在东汉时代已受到严厉的责难和抨击。
王逸在《楚辞章句序》中，就点名道姓地逐条批驳了班固的观点，指出：“班固谓之露才扬己，……伯夷、叔齐让国守分，不食周粟，遂饿而死，岂可复谓有求于世而怨望哉！”“而论者以为露才扬己，怨刺其上，强非其人，殆失厥中矣。”王逸的论述，紧紧围绕一个“怨”字，儒家思想的观念和精神，仍然是他评价屈原的根本标准，是他批驳班固的重要理论武器。在《楚辞章句》中，王逸深入发掘了屈原作品与儒家经典之间的密切内在联系，反复指出：“《离骚》之文，依《诗》取兴，引类譬喻。”“夫《离骚》之文，依托《五经》以立义焉。”这一阐释，当然受到了东汉时代思想氛围的影响，同时也是基本符合屈原作品的文本实际的。
显而易见，尽管刘安、司马迁、王逸等人对屈原的褒扬与班固对屈原的贬斥，形成了鲜明的反差，但他们依据的思想资源却惊人地一致，都是孔子所开创的正统而权威的儒家传统，只不过各自所选取的角度、所作出的阐发迥然不同罢了。一方面，既然揭露黑暗、抨击现实是《诗·雅》贵族怨刺诗所开创的文学传统，“（诗）可以怨”是孔子所提出的理论主张，那么刘安等人褒扬屈原直承《诗经》和孔子而抒发其强烈的怨愤之情，无疑是既合乎实际、又合乎情理的。另一方面，既然早在西周末年贵族们已经强调“怨而不怒”，汉代经师们又将“温柔敦厚”奉为儒家的“诗教”，那么班固等人贬斥屈原过分显露出个性化的特征，也的确有其客观理由和理论依据。后来，到了南朝梁时，著名学者刘勰在《文心雕龙·辨骚》中总结以上两说，认为屈原的“忠怨之辞”是“同于风雅者也”，而其“狷狭之志”则是“异乎经典者”，同样是以儒家思想为标准，只不过更增添了辩证思维的色彩，表现出追求公允精当的努力。