图2、我国现阶段国有独资商业银行法人治理结构与机构结构
其次在机构与结构体系方面，总行经理层作为董事会选聘的代理人,拥有对该股份公司的管理权，其对董事会负责 (而不是向股东会负责 ),其聘任和解聘均由公司董事会做出决定。在结构体系方面，我国国有独资商业银行应继续保持总分支行制。各个分支机构在总行的授权下开展经营对于总行以下的各分行，可以考虑按照中国人民银行的区行设置的办法，即以按经济区域划分设置分支机构的原则,来重新设置国有独资商业银行一、二级分行。区行行长由总行行长聘任产生。并逐层产生下一级分行经理层。下一级分行经理层直接对聘任他的区行经理层负责。他们之间是一级一级的委托代理关系。总行要明确各经营行的经营管理权限 ,严格规范各级经营管理行的经营行为,实行授权经营管理制。各级分行只能在总行授权下严格按照国家法律法规进行经营活动。
二、 国有独资商业银行的控股权与上市方案
首先，正确安排国家的控股权是国有独资商业银行股份制改造中的一个关键性问题。商业银行的资本运营完全是一种市场行为或商业性活动。中国国有独资商业银行股份化改革，如果过分强调国家对国有商业银行的控股权而且是绝对控股，这将与原有体制下的国有独资银行不会有很大的区别。但是，基于在经济体制转轨和对外开放中保证国家对金融体系有充分的控制力，增强对外部意外冲击的防御能力等方面的考虑。我们要保证国家的宏观经济调控能力和防范风险，可以在相对控股的情况下采取适当的措施来保证国家利益。
为使国有商业银行的产权多元化，应该有计划、有组织、有步骤地进行，多方持股。前面已有论述，可以设立集团公司股、机构法人股、公众股和外资股。其一，“集团公司股”，它没有必要占据绝对控股地位。可采取“黄金股”形式[3]，即以少数股份，就可控制其股权，使商业银行与国家产业政策能保持一致，自然地协调中央、地方与银行三者的经济关系；虽然发行黄金股对于保护国家利益有重要意义，但这种特权只有在关系到银行性质等重大问题才能发挥作用，以充分发挥其他股东对银行的监督作用。既要用特权优先股有效地保护国家利益，又要防止政府利用特权优先股干预银行业务。其二，“法人股”，允许业绩优秀的大企业集团参股该股份有限公司，以股票为利益纽带，促进金融资本与产业资本的融合，协调银企之间的利益关系；同时也允许金融企业相互持股；其三，“个人股”，利用个人股权这种终极所有制形式的资本内在增殖机制对整个产权关系所具有边际调节力，使国有独资银行资本与个人资本有机结合；其四，“外资股”，所占比重不大，主要起到促进与补充作用，以便于国有商业银行国际化。各股所占比例可视具体情况而定。
其次，我国股票市场从建立以来，投机现象较为严重，这固然是新兴市场不成熟的表现，但究其根源还在于缺乏值得长期投资的企业或有实力的机构投资对象。国有商业银行以其利润丰厚、稳定，股本规模大等特点，极易成为深受广大投资者喜爱的板块，从而起到稳定大盘的中坚作用（因为我国储蓄率高居不下，国有独资商业银行的股票是中小投资者的首选，风险性与收益性在一个比较适中的比例，也是分流高额储蓄的一个较为稳妥的方法）从深发展和浦发银行的情况来看，深发展在其高速成长期曾经领涨大盘，在其平稳经营阶段则与后上市的浦发银行共同成为主力运作的指标股，起到护盘的作用。[4]国有独资商业银行上市后，市场上将形成一个较大的金融板块，由于其在市值中占有较大的比重，且股价相对稳定，必将成为调节大盘走势和抑制投机的理想杠杆。
但是考虑到中国股票市场的市容量，即使只一家商业银行进行股份制改造后的股份有限公司整体在国内上市，对市场的冲击也将会很大，中国的股市很难容纳这样巨大规模的资产总量。因此可以考虑多种方案，例如，可以境内境外分别上市，也可以通过买壳的途径在境内境外上市。在实践上，中国工商银行已通过收购香港上市银行----友联银行（现已更名为工银亚洲，ICB-CAsia），开创了国有商业银行在境外收购上市银行的先河，中国银行也已宣布合并原中银集团旗下在香港的10家银行，组建新的中银集团并积极筹划在香港和纽约上市。[5]