合理地配置所有者与经营者之间的权利与责任关系。它是通过股东大会、董事会、监事会及管理层所构成的企业治理结构及其相关机制来实现。
目前，许多民营中小企业主对企业治理的完善与内部控制制度的建设认识不足，更多的是短期行为。中小企业的企业治理主要问题包括：股权不明晰，所有权过于集中或内部人控制，缺乏有效的制衡关系；忽视制度化管理，没有足够的激励机制；缺乏对中小股东利益的保护机制等等。由此导致企业的内部控制也很薄弱，会计和财务体系不完善，会计人员分工不明确，内部控制经常处于失控状态，缺乏有效的监督机制，大部分民营企业的会计报表未接受社会审计监督，财务报表质量很差。长期以来,在民营企业,尤其是中小型企业,由于内控制度不健全,在其经营活动中存在许多不规范的经营行为和经营管理，造成了大量的虚假会计信息。
笔者认为：中小型企业应建立一套符合本身实际情况的企业治理体系，将国际通用的企业治理惯例与企业实际相结合，良好的企业治理有助于企业发展，使董事会更好地进行决策，高层管理人员更有效地对公司实施管理。更重要的是可以为企业内控制度的建设与贯彻落实提供良好环境，为此，政府要建立和完善相关的政策和法律法规，为企业治理提供政策法规保障；企业应建立健全企业治理的组织结构，健全董事会、监事会和经营管理机构，为企业内控制度的建设提供环境保障。
2．内部控制的创新和深化将促使企业治理结构的完善
民营企业的治理结构，尤其是中小企业要在坚持现代公司法人治理结构的前提下，结合民营企业的实际发展情况进行必要的调整。要形成以共同治理为特征，制衡与效率相协调的治理模式。内部控制是一种动态行为，它在企业的作用过程中会受到主观因素和外部环境的影响。因此，要充分发挥内部控制在现代企业制度中的作用，就必须不断地对内部控制制度进行完善和规范，真正符合企业经营活动的特点和企业管理的需要。
构建完善的民营企业内部控制制度，是完善民营企业自身建设的重要方面，建立健全民营企业内部控制制度，首先需要企业主的重视、理解和支持，民营企业主应不断提高自身文化素质和管理水平，增加社会责任感，实行科学管理，提高企业的整体管理水平，企业主的经营意识、理财意识，是民营企业内控制度建设的关键。其次应强化外部监督，明确财政在民营企业监督中的职责和权限，树立财政监督的权威,提高财政监督的效果。会计报表必须接受社会中介审计的监督，社会审计应指导民营企业按照会计规范的要求建立会计核算制度，健全内部控制制度。税务机关要依据相关法规规范民营企业的纳税行为，严格税收管理。使民营企业认识到建立健全内控制度的必要性和紧迫性。
内部控制的目标是确保企业经营活动的效率和效果、经济信息和财务报告的可靠性、遵循适用的法律和法规。内部控制的对象是企业的权力操纵者，是对权力操纵者的权力约束，也是对权力操纵者之间的权力制衡。可见，现代企业内部控制制度，其目标已相当明确，其作用也远不止防弊纠错，有效和规范的企业内部控制制度不仅需要良好的企业治理环境的支持，同时也可以促使企业治理结构的完善。
三、建立适合中小企业发展特点的企业治理与内部控制相结合的现代企业运行模式
企业的运行机制可以分为两个层次：企业治理和企业管理。作为现代企业制度中最重要的企业治理，如果不符合现代企业制度的要求，则无法实现共同治理为特征，制衡与效率相协调的治理模式。也不能为实施现代企业管理提供支持，因此，要充分发挥内部控制在现代企业制度中的作用，就必须不断地对内部控制制度进行完善和规范，真正符合企业的实际发展需要。建立适合中小企业发展特点的企业治理与内部控制相结合的现代企业运行机制。
1．规范企业治理结构
规范的企业治理结构，关键要看董事会能否充分发挥作用。但在多数中小企业中法人治理结构不够完善，甚至是有形无实，一半以上中小企业的董事长和总经理由一人兼任，由此可见，公司董事会在很大程度上掌握在内部人手中。应该作为所有者产权代表的董事会，既不能充当所有者的“守护神”，又不能代表所有者对经营者进行监督。这种责权不分的企业治理结构，导致所有者对经营者不能实施控制，作为代表公司股东的控制主体——董事会也就形同虚设。