一、了解企业电算化的基础条件、系统的运行情况，对企业使用的电算化软件进行基本评测
目前企业所使用的会计电算化软件品种繁多，有比较规范的经有关部门认证的，如用友、金碟、小蜜蜂、万能、博科等等，同时也有企业自己开发或委托软件开发公司及软件开发者自主开发的财务软件，其质量、水平参差不齐，企业使用的会计电算化软件是否符合有关部门的要求，将对注册会计师实施审计程序、审计工作量产生重要影响。故对企业所使用的电算化软件的基本评测，应放在对此类企业进行审计的第一步。
首先，应询问与观察企业所采用的财务软件的种类。财务软件的质量、水平一方面依赖于日常的管理和维护，但另一方面则取决于会计电算化系统开发过程的质量。一旦在开发过程中产生错误，则在系统运行后，将影响到会计数据的加工处理以及会计信息的真实可靠性。并且在运行后，对该错误进行修改也极其困难，所以对财务软件的形成的了解是防止利用计算机舞弊，保证系统运行后的可靠性、效率性的重要一环。若企业使用的是商品化的财务软件，应查询其是否通过了省级以上财政部门的评审；若为企业自主开发或委托他人开发则要对其是否通过了财政部门的“计算机替代手工记帐考核标准”进行核验，并应根据此种情况设计对其财务软件功能的测试程序，以验证企业使用的财务软件准确完成财务运算、形成财务帐薄及报表的可靠性(此步骤的实施可在实质性测试阶段进行)。
其次，应参照财政部印发的《会计电算化工作规范》所规定的标准，对企业实施电算化所拥有的计算机设备、人员素质要求、电算化内控制度、系统运行的基本情况进行相应的测试，从而形成对企业实施电算化水平的基本印象和概念，据此来初步估算审计风险，设计审计计划。
二、对会计电算化系统的内部控制制度的测试
首先应对实施电算化企业的在电算化方面的内部控制制度通过调查问卷法、编制流程图法及其他有效的方法对其进行了解，然后通过观察、重新执行相关业务、穿行测试等方法对其进行测试：一方面测试企业的实施电算化的内部控制制度能在多大程度上确保会计电算化系统中会计记录的正确性和可靠性，如输入、输出的授权控制，业务处理的审核等；另一方面是内部控制的有效执行能在多大程度上保护资产的完整性，通过以上两方面的评价，可以判断企业内部控制系统能在何种程度上防止或发现会计报表中的错误及经营过程的舞弊。
对电算内部控制系统进行测试，应注意如下要点：
1.是否建立有会计人员岗位职责规范，并符合有关会计电算化规范的规定。
2.会计人员的岗位设置是否符合企业整体相关业务的内部控制制度的要求。
3.是否只有会计主管人员在会计软件中拥有最高操作权限，并按有关法规要求规定上机操作人员对会计软件的操作工作内容和权限，负责对密码的管理，并定期更换密码。
4.是否做到每个上机人员有自己的操作密码，长度六位以上，做到相互保密。
5.是否做到电算维护人员不得参与凭证录入、审核及过帐。
6.是否作到未经审核的原始凭证和记帐凭证不得录入机内帐簿。
7.是否有完善的保证计算机设备安全运行的管理措施和手段。
三、对会计电算化系统的处理和功能的审计，也可称为对会计电算化系统程序的审计
会计电算化系统的核心就是会计软件，会计软件程序质量的高低，直接决定了会计电算化系统整体水平的高低，在这部分里主要审计会计软件程序对数据进行处理和控制的及时性、正确性和可靠性，以及程序的纠错能力和容错能力。