对于此部分的审计，注册会计师可根据1994年财政部发布的《会计核算软件基本功能规范》中的要求，对会计软件所具备的功能衡量和测试。除了需具备基本的输出、输入、查询等功能外，此部分的重点审计事项应放在对会计数据的处理功能上面，会计软件对会计数据的处理是基于会计准则和企业的核算原则，从系统数据的初始化、凭证与凭证关系、凭证与帐簿关系、帐簿与报表关系、成本费用的归集与分配、各相关科目之间的相互结转等要严格遵循会计准则及企业的核算方法，数据处理虽然是不可见的，但处理的过程注册会计师必须清楚，即凭证录入后，经会计软件加工的结果要与这些凭证遵循会计准则及企业的核算方法通过手工处理的结果必须一致。注册会计师可以通过抽查部分会计凭证与相应的帐簿及处理的过程中生成的单据核验、抽查部分帐簿与相应的总帐和报表核验，以验证其处理过程的准确性。当然如果注册会计师能够使用审计软件，将企业会计数据通过接口程序结转到审计软件之中，利用审计软件进行分析、复核，则更能提高审计效率。
四、对会计电算化系统的处理对象即会计数据的审计
由于会计数据真实性、正确性、可靠性，直接影响到会计信息的真实性、正确性和可靠性，所以这一部分的审计是至关重要的，它将直接关系到审计结论的正确与否。从本质上讲对此步骤的审计，其实相当于常规审计中的实质性测试阶段所实施的审计。如果注册会计师没有相应的审计软件，则只能通过传统的方法来进行审计。即注册会计师可采用抽查原始凭证与机内凭证相对比，抽查打印日记帐和机内日记帐相核对、验算等，从而形成审计结论。但随着计算机在各个行业中的普遍运用，有些软件公司开始开发了一些审计软件，注册会计师可利用此类软件替代一些传统审计的过程，但由于商品化的审计软件目前从功能方面还不够完备，尚须不断完善。笔者认为有实力的事务所可与软件开发单位共同开发适合的审计软件以利用在审计工作中。此类软件应能实现如下功能：
1.能和会计电算化系统相关联，并直接通过会计电算化系统中的接口程序取数。经验证后，直接从会计电算化系统中取数，形成审计工作底稿中的未审数；如果会计电算化系统能形成附注，则取附注形成工作底稿中的附注，否则审计软件应能形成初步的附注。各明细表应能从会计电算化系统中取数，如应收帐款的帐龄，应能从应收帐款模块中取数，期间费用明细表，也应能从会计电算化系统中取数。
2.应能让审计人员的工作量大大减少。以前审计人员很多时间都消耗在抄抄写写和计算中，而计算机审计软件应能将这些工作减到最少。审计软件应能直接从报表模块中取数并进行各项财务比率的计算；形成会计报表的趋势分析、变动分析等等。抽样时，可以利用审计软件中的抽样工具设定条件由计算机自动生成抽样列表。抽样检查底稿中的部分项目，也可由计算机审计软件自动取数生成。如凭证号、对应科目、金额等等。总之，尽可能让计算机去处理一些抄写和计算的工作，审计人员应做的事，应只是进行分析、职业判断一些职业性强的事务处理。
3.审计软件应能形成一个资料库。资料库应包括各项法规、审计程序、企业以前的财务数据和基本情况资料等等。并在审计中随时可以调出相关项目的法规和规定。给审计人员工作提供最完善的资料。
4.审计软件应能自动完成某些审计工作底稿的整理功能，如某项审计导引表的数据自动过到某项相关联的审计导引表，由审计导引表自动生成审计差异调整表、试算平衡表等。并可将项目经理的复核、主任会计师的复核工作融入其中，对复核过程自动记录，对更改数据自动生成正确的经复核的数据。
5.审计软件应有扩充功能，应能对审计事务进行管理。如审计日程的安排，工时的计算，底稿管理，审计收费管理等等。
未来的审计软件应具备上述功能，这也将是实现审计无纸化的前奏。
计算机的发展影响到我们生活的方方面面，同时也会对我们的工作提出了新的课题，事务所做为中介机构，行使其独立审计的社会监督职能，若使该职能发挥的更好，就该对电算审计做为一个课题加以研究，同时吸引一些计算机人才加入注册会计师的行列，并加强对注册会计师计算机知识技能方面的培训，以适应知识经济时代对注册会计师行业的要求。