再次，新文化经济学在研究方法论上采取的是个人理性行为假设。准确地说，在人们所具有的信息和理解程度的限度内，在实际存在的选择范围中，人们试图对文化价值观作出理性选择。或者说，正是个人通过对价值观的权衡选择才形成了特定的文化。一个现存的价值观体系能提供给人们有关如何取得回报和避免代价的解释，这种解释是对现实的观念简化或模型化，它不仅指导人们的行动，而且能够节约人们决策的成本，这正是文化的功能和价值所在。在此，我们把文化理解为理性的行为者选择“消费”的一种“商品”，就像他们消费有形商品时权衡代价和收益一样。坚持主流经济学的理性行为假设方法论是因为，人们对特定文化价值观的确立、坚持和放弃一般是建立在代价/收益计算的基础上的，因此是理性的行为，这与人的其他行为是理性的完全一样。从这一经济学的假设前提出发，我们不把某种文化的存在归结为无知、迷信、谬见、或者是“洗脑”的结果。这一方法论也决定了对文化价值观的选择分析成为新古典经济学、新制度经济学之后理性假设的又一个新拓展，也使新文化经济学与主流经济学能够在统一的框架内相容。
文化成本分析范式的出发点是这样的，既然个人选择特定的价值观或者价值观体系（即文化）是基于对回报与代价之间的权衡，那么他们对特定价值观的评价就准确反映在他们所愿意付出的代价上。他们要付出的代价是什么呢？或者说他们出的价格是多少呢？这一代价体现为人们接受某一文化价值观体系所要付出的物质的、社会的特别是心理上的代价。测量一个人对特定文化价值观体系付出代价的昂贵与否的一个简易方式，是观察要求其遵循者所要做的和不要做的事情的多少。例如社会关系受到限制与外人强加的歧视等。
上述的代价无疑可以恰当地称之为文化成本，它是指人们信奉或遵从某种习得的文化信念（或价值观体系）时所放弃的最高的心理与货币代价。由于人们普遍地遵从特定文化观念，因此，文化成本也是同样广泛存在的。具体来说，文化成本一般包括认知成本、心理成本、认同成本、信仰成本等内容。从文化成本这一核心概念出发，我们可以提出一些可实证的命题来解释大量与文化观念有关的社会现象，同时也可以深入分析文化与经济发展之间存在的内在联系，揭示出制约个别企业、地区及国家经济增长的重要条件。
文化成本理论的提出似乎并不困难，然而，人们认识到达这一点时却经历了长期的努力。阻碍这一认识的形成有两个思想成见，一是拒绝承认文化现象可以进行经济分析；二是认为文化观念不是可以选择的，而是人们“社会化”或模仿教育的结果。因此，尽管大多数经济学家都意识到了文化对人们行为影响的重要性，但这些思想小溪并未能够汇入经济学的主流。但是这些思想渊源却成为文化经济学新范式形成和发展的重要的营养来源。
文化成本范式是解释个体与群体存在复杂价值观选择的有力分析工具。文化成本范式的研究方法是以一些有一般性的行为假设、公理或定律——如人的自利假设来约束行为；另一方面，又要指出一些限制行为的局限条件或情况，这样就可以推断在怎样的情况下，人的行为必然会怎样；而情况若有所改变，行为也就一定随之而变。当然，我们所关注的局限条件是当要素成本与交易成本不变时的文化成本。尽管文化成本在现实中是难以衡量的，但总可以通过一些间接的方法按照其大小给予排序，从而提出实证性的命题。事实上，一些研究成果已经显示了文化成本范式的可行性，尽管在这些研究中文化成本被具体化为“道德成本”、“信仰成本”、“心理成本”，然而其研究思路是相似的。
三、理论体系：从文化选择到文化变迁
依据研究重点的不同，新文化经济学的理论体系可以划分为四个层次，即文化选择理论、文化区位理论、文化与经济发展理论、文化变迁理论。其中，文化选择理论是学科的基础理论，而后三个理论为应用和实证内容。四个理论既有内在的层进关系，也有各自的侧重点，具体架构如下图所示。