据调查，皖北S市2000年底共有119个乡镇，这些乡镇的负债总额达到80845万元，平均每个乡镇负债680万元，其中最多的乡镇达到1000多万元。全市村级负债平均每村17万元左右，最多的达到近100万元。这些乡村也拥有一定的债权，但是乡村债务普遍大于债权，而且债务必须偿还，债权则多属历年旧欠，清理难度大。税费改革后，乡村两级收入锐减，维持正常运转力不从心，消化债务更困难。债权人与乡村集体引发的债务纠纷，严重影响到社会和基层政权的稳定。据统计，全市目前已有为数不少的乡镇长和村委会主任因历年债务纠纷被债权人推上被告席，有的乡镇政府账户被法院冻结，甚至有的村干部被逼外出躲债，有的把收取的农业税及附加用于抵偿债务，比如该市某村干部截留税款4万多元用于清偿债务。
皖北S市政协2001年4月组织人员对21个乡镇进行了债务情况调查。据其调查，21个乡镇历年累计债务23345.3万元，平均负债1111.7万元，负债面达到100%.最高的一个镇负债达到2179.3万元，是该镇当年财政总收入的2.5倍。这21个乡镇总人口达101万人，相当于这些乡镇人均负债231元。主要债务为乡镇建设的工程欠款、乡镇企业欠债、世行贷款、农发资金等。
乡镇负债的主要原因包括：（1）经济结构问题。没有沿海城市的区位优势，外商投资项目和高新技术项目少，新的经济增长点少。没有支柱企业，原有的工业企业主要是资源型的煤矿和农副产品初加工。1997年后，煤炭行业效益下滑，原煤销售难。此外，农产品价格低下，影响农民收入。这些问题导致乡镇财政增长缓慢。（2）税种调整使乡镇财政收入减少。一是2000年国家停征固定资产投资方向调节税；二是为了控制乱占耕地，把占用耕地审批权上划，收归省管，且谁批地谁收税，县、乡镇耕地占用税也就无税可征；三是2000年为了减轻农民负担，停征了屠宰税。这些税种调整直接影响了乡镇财政收入，皖北S市政协所调查的21个乡镇平均减收20～25万元。（3）乡镇财政支出加大。教育体制改革把农村中小学下放给乡镇管理；财政体制改革，实行分灶吃饭，谁的事谁办，这样就把农村九年义务教育的全部经济负担压到乡镇财政。1997年皖北S市民师转正约11000人，平均每个乡镇增加100人，均由乡镇财政供给工资。（4）农业综合开发贷款和世行贷款债务。有些农业综合开发项目效益差，其中有些项目最初没有明确谁收益谁还款方面的权利义务关系，有些虽有受益人，但农民负担重，无力偿还债务，加上怕群众不满上访，乡镇政府承担了还贷债务。比如该市某乡732万元债务中，用于农业基础建设的农发资金和世行贷款占了500万元。贷款到期后，区财政从乡镇财政扣款还账。（5）产业政策的影响导致乡镇承担乡镇企业债务。一些乡镇企业办垮了，既有用人不当、管理不善的问题，也有国家产业政策调整的因素，比如1992年邓小平南巡讲话号召“胆子要大一些，步子要快一些”，皖北S市为加快经济发展，把发展乡镇企业放到了首位，上马了一些短平快的资源型小企业。后来封杀“十五小”，该市各乡镇先后强行关闭136个“十五小”工业企业（其中小造纸厂67家，小轧钢厂、小铸造厂11家，小水泥厂23家，小磷肥厂、小农药厂19家，其他15家）。累计造成25232万元经济损失，其中银行贷款16673万元。由于许多银行贷款是由乡镇出面担保的，企业关停后债务则需要乡镇政府或者财政背着。此外，关停也意味着乡镇政府减少了相应的税收收入。（6）各类达标、升级、验收增加了非生产性开支。各类“达标、升级、验收”活动繁多，如小城镇基础建设、卫生院建设、义务教育双基达标、计划生育达标等，许多还是岗位目标考核内容。乡镇为完成任务，许多工程都是近年来乡镇村根据上级的规定，采取“一次建成、分年集资还款”的形式垫资先建的。还有修建乡村道路和建设中小学校舍等所欠的工程款。税费改革取消农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府基金、集资。行政村兴办公益事业的筹资办法实行“一事一议”，每人每年最高不得超过15元，这样，乡镇村将无力按期偿还所欠的工程款。