二、行政区划改革和乡镇机构改革对税费改革的意义
行政区划改革和乡镇机构改革两者均能促进税费改革，它们也是对税费改革的一种适应性反应。我国各地在进行撤乡并镇工作。一方面是推进城镇化的需要，另一方面是财政压力所致。其思路是正确的，困难是精简机构和人员，因为如果上级政府仍然一如既往地向地方政府转移和下放事权，而不相应转移和下放收入权或者收入，机构和人员精简只会是应景之作。
政府级次的多寡影响到分税制财政体制的设计难度。我国的整个分级财政体制由五个政府级次参与，省以下财政体制在各省各不相同。浙江省的财政体制减少了一个环节，因为省与地、市、县（均为本级）直接建立分税制财政体制。地区或者地级市在此与县或者县级市的地位一样，均直接对省。这有助于维护县和乡镇的财政收入权，因为少了地级市或地区这一层对县市财政资源的“盘剥”环节。江苏就与浙江不一样。1994年以来，在江苏省，首先省与地级市（包括县市）分税，从地级市收取增值税25%部分（75%已由中央收取）中的12.5个百分点（2000年取消），然后地级市本级与县市分税，比如苏州市对其所辖县市从余下的增值税12.5%部分收取4个百分点。
我国五级政府体制中的分级过多，造成政府间分税制设计难度很大，各级政府事权划分很难（从而造成相互推诿），其收入也可能需要设置许多共享税来解决。解决方法之一是减少政府级次。目前最容易入手的似乎是虚设地区级次，即地区或者地级市不承担对县市的行政职能，只承担功能性分工职能。由此所需的一个配套改革是划小省域、相应增加省份数目，但这样做的一个缺点是，由于我国的省界自古以来变动较少，其设置已经成为我国文化的一部分，打破现有省界的区划改革意味着许多人失去地方认同。撤除乡镇一级是不足取的，一个县不可能直接对付这么多村之间的或者村以上的事务。
为了降低乡镇行政费用，增加行政效率，还有两条措施值得考虑：其一是辖区之间的特定目标上的乡镇联合，这在德国很普遍。地方市镇之间在不丧失自身自治管理权的前提下建立乡镇目标联合体，如在废物处理或者供水方面等等，或者在共同推销区位方面。这种联合是为了提高公共产品提供的效率，比如降低单位成本，使得相应的税费收取范围与受益范围一致，降低外部性和溢出效应。这种目标联合体不仅适用于乡镇级，也适用于更高级次的辖区间合作。其二是公共服务的市场化。如2000年6月，张家港正式建成市格锐工业固废处置中心，并投入使用。该固废处置中心是全市目前唯一从事固体废物、危险废物收集处理、处置的专业单位，按照多元化投入、市场化运作的方式，为全市及周边县市固废的规范化处理提供服务。
此外，乡镇机构改革是伴随农村税费改革而来的必然选择之一。如湖南省已将各县市的乡镇划分为一、二、三、四类。在机构设置上，少数经济发达、规模较大的镇可按现代化城镇管理模式确定内设机构，其他一、二类乡镇只能设4～5个综合性办公室，乡镇事业单位设置限额9个左右，领导职数配备不超过11名；三、四类乡镇原则上只设一个办公室或确定必要的助理员，乡镇事业单位设置限额7个左右，领导职数配备三类不超过9名、四类不超过7名。机构设置和人员配备不搞上下对口，提倡一职多能。④皖北S市于农村税费改革之后也在2001年进行乡镇机构改革和教育体制改革，压缩乡镇财政供给人员。3年内皖北S市乡镇机构改革分流人员3795人，按理，仅此一项每年减少财政支出3000多万元。⑤不过这些分流人员在3年内的收入待遇基本不变。
三、农村税费改革中暴露的乡镇债务问题及其处理原则
我国各级政府间事权划分不明晰，上级政府往往把支出责任转移给地方政府，而且倾向于不时改变与下级政府的收入分配关系，增加自身的收入比例，减少下级政府的收入比例。如此上行下效，最终许多地区的县乡支出责任重，财政债务负担也重。需要解决旧有债务问题，又要对未来新债加以控制。我国要求地方政府实行平衡预算，但是由于上述原因，仍然阻挡不住地方政府负债、暗中搞赤字财政。