八是税费改革的配套措施难以落实。皖北S市税费改革后进行了乡镇机构改革，3年内分流人员的财政供给方式不变，所以至少在3年内乡镇机构改革不会减轻财政压力。若要减少财政支出，应调整中小学布局，减少中小学数量，但这本身需要资金投入，这对财政状况本来就很困难的乡镇来说很难组织落实。此外各村村民对并校选址意见难以统一。据统计，2001年皖北S市农村中小学校644所，在校学生90多万人。按照教育部门规定的师生比例，该地级市农村教师职位不是多，而是缺很多。这样，即使并校、精简教职工队伍，短期内也不会减轻乡镇财政压力。
九是“一事一议”制度在执行中存在问题。（1） 一些乡村的许多公益事情因此变得“难办”，因为需要与村民商量才行。乡村干部遇到“会难开、事难议、款难筹”等问题，导致农村工作难以正常开展，甚至瘫痪或者半瘫痪。比如皖北S市某镇44个行政村中有6个瘫痪村，18个半瘫痪村。在一些地方，由于农民对“三乱”戒心较重，而且近年来农民收入增长缓慢，有些地方农民实际收入下降，村委会提交审议的筹资筹劳方案往往难以通过。即使只要求村民负担经批准的筹资筹劳项目，村委会对拒不履行的村民也缺少制约手段。“一事一议”也受到了取消“两工”（劳动积累工和义务工）的掣肘。有些人提出应该保留一定数量的“两工”。这是危险的，因为任何保留“两工”的做法都是与农民作为人的基本自由权利水火不容的。正确的做法是在议定“一事”过程中必须议定筹资的问题，所筹资金必须包括对劳动力的支付和补偿。这也意味着乡镇村财政压力会有增加。（2）有些乡村的干部大搞“一事一议”，目的是中饱私囊。（3） 有些地方把不属于“一事一议”的收费项目列入议事范围，存在“多事一议”等不规范行为。比如皖北S市一些乡镇把人口普查经费、基本水费、计生投入、村聘教师待遇、五保供养等列入“一事一议”范围；少数村不是按最多人均15元标准收取“一事一议”费用，而是按亩均15元标准收费，造成农民每人实际交款超过15元标准，甚至超过人均20元。
从总体上看，现行改革把农业税作为乡镇财政收入的主要来源，不是长久之计，而是权宜之计。其原因是：（1）我国各地农业占国内生产总值的份额正在普遍下降，体现了我国逐步走向工业化甚至后工业化（发达地区）。从长远看，我国农业份额还将随着经济发展而不断缩减。随着乡镇村其他产业的发展，必然要从其他产业征收更多税收。（2）我国政府规定了一个很高的粮食自给率，作为粮食供应安全指标，与此同时农民收入目标也开始同样占据重要地位，后者与我国希望通过扩大农民的消费需求、从而刺激经济的功利主义想法有关。这种政策目标取向（产量 收入）意味着未来我国要对农业提供更多的支持，而不是从中抽取更多的税收。对于农业，在长远很可能不能指望从其获得较多财政收入，更不能指望仅靠农业税收收入维持乡镇政权的运转。（3）随着整体经济的发展，农民（以及其他居民、企业等）随着其收入水平的提高和偏好的变化，其对乡镇村公共产品与服务供给水平的要求会提高。这也要求乡镇村在这方面扩大投入和供给，从而需要寻找更多的财政收入来源，尤其是农业税收之外的税收收入。
农村税费改革的最直接意义是在总体上减轻了农民负担，更深层的意义是借以规范农民的纳税行为以及政府的税费征收行为，稳定政府与农民的关系，确保农村经济与社会稳定与发展。安徽省经济发展较为落后，农业占国内生产总值的比重相对来说较大，乡镇财政对农业的依赖也大。中央决定在安徽省先搞税费改革试点，然后逐步推开，是值得肯定的。目前只能暂时控制农村税费，因为最终还是需要对有些一般公共基础设施加以投入，那时就得寻找附加的税费来源。暂时减少、控制税费的政策，其最大的好处恰恰是造成一种低税负的既成事实，造成一种棘轮效应。然后在此基础上各级政府一起讨论收支缺口怎么弥补，是否需要为此实行区划改革、行政机构改革、义务教育改革、行政体制改革、政府机构改革、更高层面的财税体制改革。可以说，税费改革等同于为我国未来的进一步财税体制改革和其他一系列改革形成一种倒逼机制。迫使我国大幅度重塑整体的公共财政体制、公共行政体制乃至基层政府体制。农村税费改革的成功将最终取决于我国能否建立一个真正的公共财政体制以及合理的转移支付制度。