二是许多地方基层政府在计税技术上知法犯法。比如确定的计税价格往往高于市场价，计税土地面积被加大，1998年以前5年亩产量有虚报现象，计税单产被加大。其结果是，实际所缴的税费高于应收税费。
三是乡级财政收入减少，村级减收幅度更大。据调查，皖北S市许多乡镇村在税费改革后失去偿还旧债的能力。农村税费改革前，很多乡镇税源不足，年年都存在资金缺口，拖欠国家工作人员和教师工资的现象较为普遍。税费改革后，乡镇财政紧张的矛盾更加突出。据统计，皖北S市税费改革后乡镇财政收入比改革前减少27.1%.部分乡镇保工资尚且困难，更无力保障原由乡统筹开支的农村教育、优抚、民兵训练、计划生育、乡村道路维修等公益性事业所需经费。而且根据公共经济学理论，一般优抚、民兵训练和计划生育等本属于中央政府的事权范围，应由中央政府承担支出。此外，该市村级收入减幅更大。以两税（农业税和农业特产税）附加作为行政村的收入，使得这些乡镇的一些村入不敷出，村组干部报酬、五保户供养、烈军属补助、办公经费不能得到保障。据统计，皖北S市2000年全市农村两税附加收入5220万元，同比减收6273万元，减幅达56%.根据测算，皖北S市维持一个行政村基本运转每年所需最低经费约为3万元，而全市附加收入在3万元以下的村约占70%.为了完成当年的农业税收任务，该市一半以上的村把附税抵作正税，致使村组干部的合理补助难以落实。
四是计税农田上的农业特产税无法据实征收。比如安徽省政府文件规定，按照农业税和农业特产税不重复交叉征收的原则，对在农业税计税土地上生产的部分农业特产品，由征收农业特产税改征农业税。比如皖北S市在实际操作中遇到3类问题：（1）是税源档案难以据实建立，因为农业特产税税源广、面积大、品种多而且涉及千家万户，难以做到逐户普查、据实建档；（2）产量与价格难以确定；（3）对据实征收的理解难以统一。农民认为据实征收应该以其实际销售收入为计税依据，不接受对未完全销售完之前按照评定产量和价格计征农业特产税的做法。
五是未能建立起一种可持续的乡镇财政收支体制。许多地方在税费改革后暂时搁置了较大的公共基础设施建设，在当前政策条件下，这方面今后也缺乏资金来源。上级政府对县、乡镇转嫁各种支出责任仍然没有得到有效控制。
六是部分农业税收不上来。当前农村约有10%～15%左右的钉子户、难缠户，即使手中有钱有粮，就是不纳税。有些地方政府通过办“学习班”、“扒粮牵牲畜”、非法关押等方式“以错制错”，实际上这是通过一种非法行政手段来对付这些农户的非法抗税行为。皖北S市一些村多年不缴农业税，其原因是这些村的农户缺乏法制观念，诉诸法院或者税收保全程序复杂，法律实施成本大。此外征收机关对新的征管方式不适应。向农民收钱历来是一件费力的事情。过去向农民收钱是按人头收，财税部门往往借助于村委会，采取一些行政上的手段，收缴率可维持在一个较高水平。税费改革后，收费改为收税，农业税征管由行政命令突击完成转变为依靠财政机关征缴，村委会不再成为征收主体，不愿承接这份苦差事。部分乡村干部思想上有顾虑，害怕在依法清理过程中会引发意外事件而受处分，不积极协助农税征收人员上门从事农税征缴工作，征收机关要直接面对千家万户，一时难以适应。
七是存在税源流失现象。据调查，皖北S市存在着大量“有地无税”或“有税无地”现象。“有地无税”主要是指集体小农场没有纳入计税面积的土地、农户开垦的免税到期的耕地未丈量查实以及抛荒的土地。该市某县农户开垦的免税到期的、未丈量查实耕地竟达到40万亩。这种有地无税现象导致农业税和农业特产税及两税附加严重流失。“有税无地”主要指国道、省道两旁绿化带、小城镇建设、国家大型工程建设、乡村水利工程、公益事业等占用了耕地而没有及时核减，如该县仅此类占地就近万亩。