增加农业投入、提高投入效益的重要环节是理顺中央和地方在支农工作中的关系，增强基层政府和农民经济组织在实施农业发展项目中的能力。目前这方面的问题主要是：
第一，乡村债务负担严重，农业投入能力非常薄弱。乡村债务的总规模究竟有多大，并不是很清楚，官方人士估计有4000多亿元，而一些学者估计在1万亿元左右。我们对河北某县的调查发现，乡镇负债规模在1200万元左右。四川某市的乡镇负债平均在900万元左右。如果全国乡镇负债平均水平是1000万元左右，则全国乡镇负债总规模当在4000亿元上下。
第二，在分税制下，地方（省、地市级）对困难县的财政转移支付力度不够。似乎无法证明实行“分税制”是县乡财政体制困难的主要原因。省以下未能真正按照分税制的原则理顺财政关系才可能是县乡财政体制困难的直接原因。从中央财政支出占总支出比重看，1993年28．3％，2004年27．7％，比重是下降的。实行分税制11年来，中央从东部地区净集中增量9233亿元，而对中部和西部地区分别净补助3882亿元和6053亿元。与中央相比，地方对县级财政的支持实在小气。2004年地方对791个县的财政转移支付增量仅为181亿元，占中央对地方财力性转移支付增量的1／4。
第三，农民经济组织还远没有成为运用政府资金实施农业建设项目的主体。经验证明，在支援农业建设中，政府一竿子插到底的做法不利于提高资金的使用效益。我国农民自主建立的经济组织虽然数量不少，但运转情况不好，真正能发挥作用的不多。把政府资金的使用和培育农民经济组织结合起来，将能起到事半功倍的作用。