一是法律的、宣传还不够广泛、深入。根据国务院发展研究中心“县域经济与社会调查分析系统” ２００３年对湖南醴陵、耒阳和浙江建德、永康四个县（市）的抽样调查发现，大部分农民对《农村土地承包法》一无所知，而那些表示知道此法的农户中，大部分农户又都不知道该法的主要内容，甚至连“承包期内不再调地”和“农户不同意，谁也无权在土地承包期内拿走土地”这两项涉及农民自身权益保护的最核心内容都不知道。⑦ 一些干部对农村土地承包法的重大意义、对稳定完善农村土地承包关系和保护农民土地承包经营权的重要性，也缺乏应有的认识。
二是农民的土地承包经营权在一些地方还没有得到完全落实。从全国看，还有少数村组没有开展第二轮土地承包，还有相当数量的农户没有领到土地承包经营权证书。一些地方因部分森林、林木和林地的产权不明晰，边界不确定等原因，林权证发放不及时。个别地方还存在随意终止或变更承包合同，以及以村规民约剥夺农村妇女土地承包经营权等问题。
三是违法批地用地、乱占滥用耕地的现象比较突出，失地农民的补偿和安置得不到落实。一些地方不尊重农民承包土地的主体地位，违反土地利用规划，随意扩大征地规模，违法越权审批土地。截止到2004年上半年，全国各类开发园区竟有6000多个，⑧开发园区过多过滥，土地闲置率过高，导致土地资源严重浪费，农民失地失业。有些地方为了减少征地成本，降低征地补偿标准，忽视失地农民的就业和生活安置；有些地方补偿费的分配没有充分体现农民的受益主体地位，以各种名目拖欠、挪用、截留土地补偿费。由此，引发了不少矛盾和纠纷，成为影响农村社会稳定的一个重要原因。
四是一些地方土地承包经营权流转不规范。农户之间的土地承包经营权流转多采取口头协议的形式，随意性大。即使签订书面合同，很多也没有对流转期限、流转价格和违约责任等做出约定，留下纠纷隐患。土地承包方案、土地承包经营权的调整与变动须经村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意的规定在一些村组形同虚设。制定土地承包方案、调整承包地、将土地发包给本集体经济组织以外的单位或个人时，往往是村组织或个别村组干部“一锤定音”。还有的地方侵占农民土地承包经营权流转收益，更有甚者，借承包经营权流转改变土地的农业用途。