3、课税对象认定问题
(1)数字产品性质的认定
电子商务将原先以有形财产提供的商品转变为以数字形式提供，使得网上商品购销和服务的界限变得模糊。对这种以数字形式提供的数据和信息应视为提供服务所得还是销售商品所得，目前税法
还没有明确的规定。
纵观各种形式与产品的电子商务，数字产品的电子商务不仅具有一般形态的电子商务所具有的商流与信息流的虚拟性，更因其产品形态的特殊性，数字产品电子商务又具备物流的虚拟性的特点，这一特点使其在纳税人身份的判定中、交易过程的可追溯性上与税务稽查上有效实现的难度都大大增加。甚至可以说，如果一个数字产品电子商务的经营者不如实地履行各项纳税申报，那么对于税务机关，可以说基本上没有什么有效的方法与途径去追查其交易商品、资金的各项细节。这一问题已引起世界各国普遍关注，欧洲有些国家曾提出按劳务征收数字产品电子商务税的设想，但总体来看，至今还没有太好的办法来解决这一难题。
(2)印花税的缴纳问题
在电子商务交易中，实现了无纸化操作，且交易双方常常“隐蔽”进行。使得印花税的计税依据难以确定。网上订单是否具有纸基合同的性质和作用，是否需要缴纳印花税，目前也不明确。
4、税收管辖权问题
(1)双重征税问题
一个极端的例子是：如果你是一个中国公民，在马来西亚的电子商务网站上订购货物，并且要求将货物发往泰国，这样做的结果可能是，你将同时得到三个国家的税单。首先，按照居民税收管辖权征税办法，中国政府将有权向你征收所得税；按照收入来源地管辖权征税的话，泰国政府也有权向你征收流转税；而马来西亚政府有可能以交易操作发生地为依据，也可根据来源地，有权向你征税。对同一笔税源，由于税收管辖权的重叠，而导致重复征税。
(2)纳税人避税问题
电子商务的便捷性与高流动性为跨国公司操纵利润、规避税收提供了便利。跨国公司通过互联网，只要按几下鼠标就可以轻松地将其在高税区的利润转到低税区或避税港。
二、适应电子商务发展的税收对策
1、在指导思想上应引起重视
我国目前的电子商务尚处于萌芽阶段，但网络经济和电子商务已成为一种势不可挡的历史趋势和时代潮流，在认识和对待我国电子商务和税收的关系上，应本着“积极面对、加强研究、互促互动”的指导思想来加以处理。所谓“积极面对”就是面对全球网络经济和电子商务的迅猛发展，我们应采取一种积极面对的态度，树立超前意识，更新传统观念，以顺应和迎接新的时代。所谓“加强研究”就是面对电子商务对传统税收制度、税收政策和现行国际税收安排所提出的挑战，我们首先必须通过加强研究来弄清情况，掌握国际电子商务的最新动态和发展趋势，明白其对我国现行税制、税收、涉外税收等的影响之所在，从而紧密结合中国具体国情并参照世界税制、税则变动最新情况提出我们的应对举措和方略。所谓“互促互动”，就是说，一方面我们的税制、税则和税收政策，要立足于有利于促进电子商务的发展；另一方面，现行税收的安排，又要在电子商务发展的实践中去不断进行改革和完善，以适应电子商务的发展。
2、我国电子商务的征税原则
(1)税收中性原则
它是指征税不应影响企业在电子商务交易方式之间的经济选择，不应该对高新技术的发展构成阻力。以我国目前的国情而论，在我国信息产业还处于稚嫩时期，网址资源已相当紧张，加上我国企业经营方式落后、机制僵化、信息不灵，因而急需上网经营。如果我国税收政策阻碍电子商务的发展，不仅会妨碍了企业的经营发展，而且使税收也变成无源之水、无本之木。
(2)公平税负原则
从长远来看，应保持传统贸易与电子商务的税负一致。希望各国政府要彼此合作，而且还希望同纳税人合作，以求做到对电子商务的征税会公平台理。
(3)适当优惠原则
即对目前我国的电子商务暂时采取适当轻税的税收政策，以促进电子商务在我国的迅猛发展，开辟新的税收来源。对于这一崭新、具有重大意义及强渗透性的产业，在其发展初期，国家从政策优惠的角度对电子商务给予一定程度的支持还是非常必要的。