古希腊早期哲学的本体论是一种本原论，它要说明的问题是世界万物的本原是什么。按照亚里士多德的解释，“一个东西，如果一切存在物都由它构成，最初都从其中产生，最后又都复归为它（实体常住不变而只是变换它的性状）……那就是存在物的原素和始基。”[14]探寻本原，就是要寻找某种或某些构成世间万物的始基、原素或基质，把它作为最初的根源和最高的原因，用来说明世间万物的产生形成和生灭变化，所以它也是在古代哲学说明世界的一种原则。
虽然如此，一般不把早期希腊哲学对“本体”问题的探索看作“本体论”诞生的标志。这除了因为当时的探索在形式上不成其为体系，在水平上尚未达到对“存在”本身的反思外，更重要的原因是这种探索的学科性质是不明确的，难以与科学的宇宙起源论划清界限。《哲学大辞典》“本体论”辞条写道：“大体上说，马克思以前的哲学所用的本体论有广义狭义之别，广义指一切实在的最终本性……因而研究一切实在的最终本性为本体论。……从狭义讲，则在广义本体论中又有宇宙的起源与结构的研究和宇宙的本性的研究，前者为宇宙论，后者为本体论。”[15]严格地说，这里给出的本体论定义是不准确的，但它注意到两种研究的区分却是有意义的。在古希腊早期哲学中，由于哲学与科学尚未充分分化，哲学对“本原”问题的探究是与科学的宇宙论融为一体的，“本体论”作为一个哲学学科并未明确建立起来，只能说是本体论问题的萌芽。
“本源”一词，存在着两种不同的含义。一种是发生学的，探讨“世界如何起源”的问题，从属于宇宙论（cosmology）。 而哲学“本体论”所说的“本源”，是对世界的根源、第一原因的探讨，即寻找可感觉的经验世界背后的根据本身。这种意义上的“本源”并非是对世界的某种原始状态的考察，而是对现存世界的终极本质的思考。这种思考，与其说接近于宇宙论，不如说接近于神学（theology）。
严格说来，作为一个哲学学科的“本体论”是从柏拉图和亚里士多德才开始形成的。柏拉图的“共相”（Universal）、 “本体”（Noumenon ）、 “理式”（Idea），亚里士多德的“实体”（Sbstance）、“本体”（Entity）、“存在”（Being）等一系列真正的本体论概念， 为人类理性的哲学追求提供了必要的哲学概念和哲学范畴，而他们在众多著作中表达的超越物理世界、超越现象界、超越有限世界，探索终极存在、终极原因、终极根据的哲学追求，则是哲学本体论诞生的标志。由于“本体论”作为“第一哲学”长期被看作“形而上学”的同义语，有的哲学史家把柏拉图和亚里士多德的哲学看作西方哲学史的真正起点，这是有一定道理的。
我国研究古希腊哲学的前辈学者陈康先生曾经把柏拉图的《巴曼尼德斯篇》看作西方本体论的始作佣者。他在译注柏氏的《巴曼尼德斯篇》时，不满意“本体论”的中译法，而改译为“万有论”，并说：“万有论（Ontologia旧译‘本体论’，但不精确）成为一门学科始自亚里士多德（《物理学以后诸篇》Ｔ1-2,cf.Ｋ3）；但本篇已为这个学科奠定基础。它指出来，‘是’分为一切的‘有’，‘割裂为最可能小的和最可能大的以及各式各样的有’，那么万有有一共通点，即分有‘是’……。”[16]
这里陈康所译的“是”，相当于英文的Being, 是从系动词或其不定式be 和to be演化过来的，也可译为“存在”、“本体”等；而陈康所译的“有”， 相当于英文的beings，是being的复数形式，也可译为“实是”、“是者”、 “存在者”等。“有”（“是者”、“存在者”）“分有”了“是”（“存在”、“本体”），即是说，“存在者”是从“存在”中派生、推演出来的。因此，“本体论”或“万有论”是研究“存在”（Being）与统称为“存在者”（beings ）的各种范畴之间的关系的学问。
柏拉图把巴门尼德关于世界是静止的命题与赫拉克利特的世界是变化的命题综合起来，提出静止的理式（Idea）[17]与流变的现象两个世界的思想。柏拉图认为，我们日常所感知到的具体事物都象赫拉克利特所说的那样是变动不居的，因而是不真实的；真正实在的东西应该象巴门尼德所主张的“存在”一样是不动不变的；这样的存在就是“理式”（Idea）。理式是形式（Form），是我们所能见到的现象界事物的本质和本源，“理念世界”给予并显现“物理世界”的意义。