对中国县域经济的转轨，很大程度上可看作是中国经济转轨的缩影。它同样兼有经济体制转轨(由计划经济体制转向市场经济体制)和经济发展转轨(由单一经济增长转向可持续发展)。但县域经济毕竟是中国的一个局部，并且是相对欠发达的一个局部，特别是由于改革前中国县域经济不仅传统计划经济体制根深蒂固，同时也多少带有几千年县域自然经济体制传统的烙印，县域经济的转轨又更多地表现为传统农业向现代农业、农业大县向工业强县的两个转变。所以，在经济全球化和中国加入世贸组织的大背景下，县域经济多重转轨中难免产生若干特殊的矛盾。从一定意义上讲，县域经济转轨的过程就是解决这些矛盾的过程。
1．县域经济作为中国经济中聚集诸种资源要素，最具发展潜力的基本细胞或基本单元，与缺少充满活力、具有竞争力的市场主体的矛盾。
经过新中国成立后到改革开放前30年的发展和变革，县域经济由汪洋大海的男耕女织型小农经济集合体转变为集体合作农业组织、乡镇企业和地方国营及大集体工业三部分组成的特殊区域经济结构，可称之为“老三块”结构。上世纪80年代初开始的中国改革，对这种经济结构有所调整并未从根本上改变。只是在不同的主导经济体制下，呈现为不同的特点。在传统计划经济体制主导下，为服从服务于重工业优先的国家发展战略，县域经济的“五小工业”(大都是地方国营工业及一部分大集体工业)成为“老三块”结构的主体和领头羊。在计划经济体制向市场经济体制转变的前期，也就是在短缺市场尚未转向相对过剩经济以前，通过家庭经营改造的广大的新型双层经营农业单位，与适应短缺市场并填补国有大中型企业改革滞后所留下空间的乡镇企业，成为“老三块”结构中充满活力和竞争力的主体。尤其是乡镇工业几乎是“无工不富”，是相当多数县域经济的新增长点。这个时期，可以说是中国县域经济发挥聚集诸种资源要素，生产力发展最快的一个时期。也正由于千千万万充满活力和竞争力的农产和广大乡镇企业这些市场主体的发育、成长，县域经济一时成为中国经济中最具生机活力、最具发展潜力的基本细胞或基本单元。
但是，在上世纪90年代中期，中国由长期的短缺经济转向相对过剩经济状态后，支撑县域经济的上述两类市场主体受到前所未有的冲击。最为直观的表现就是：家庭承包制农业组织在政府放松支持后并非“一包就灵”，随着国有大中型企业深化改革和国家“抓大放小”的政策支持，乡镇工业企业失去了大部分原有的市场空间，已由过去的“无工不富”变为90年代的几乎“无工不亏”，连“异军突起”代表的“苏南模式”也受到挑战，更不待说一部分以双层经营农业为主体的县域经济陷入了“农业大县、工业小县、财政穷县”的困境。如果把现阶段的县域经济当作一个大企业来看，那它就是一个缺少实力和活力，调控乏力，兼有行政和经济职能的松散联合体。这说明，中国县域经济深深陷入了理应作为最有活力、最有潜力的基本细胞或基本单元，与基本的市场主体缺乏活力和竞争力的矛盾之中。从深层次看，这种矛盾与两个问题相联系：一是县域经济中诸种资源要素未能合理组合成新的市场主体。以与农业密切相关的组织资源为例，一方面，原有的为农民产前产后服务的供销社、信用社，由于沉重的制度遗产和历史包袱而难以充分发挥市场中介的作用，对其进行合作制导向的改革成本又太高，效果也未必好；废除公社体制后的乡村社区合作组织，特别是村一级的双层经营合作组织，大多数名存实亡，行政职能多于经济职能。另一方面，新兴的农民生产组织和为农民服务组织，如专业合作社、专业协会、农民运销联合体以及“公司 农产”、农民经纪人等，均发育缓慢，未能形成气候，成为有实力、有活力的市场主体。二是县域经济诸种资源要素中缺少高等资源要素。与城市经济比较，县域经济所拥有的诸种资源要素，基本生产资源要素居多，包括自然资源、地理位置、气候条件、初级劳动力等，但缺少高技术人才及其创造力、科教机构、领先学科、现代化的电讯网络等高等生产要素。在现代市场经济条件下，高等生产要素，尤其是信息、技术、专利、品牌等是市场竞争成败的决定因素，县域经济的这一“短腿”也制约了县域经济有竞争力市场主体的发育、成长。