但是从过去到现在一直存在着这样的观点，即罪刑法定原则与司法自由裁量权是无法并存的，要达到法定就必须否定自由裁量，这种观点放在现代社会的背景下是不太准确的。现代法治社会中的刑法已经逐渐摆脱了其作为政治统治工具的角色，它是具有独立性的。而刑法的独立性又有赖于刑法司法的独立性，否则刑法的独立性也只能是虚空的。刑法司法意义上的独立，实际上是指刑法适用活动的独立运行，即刑事司法权行使的独立。刑事司法独立包含四个方面的基本要求和内容：其一，刑事司法权发动具有正当性、独立性；其二，刑法是否适用具有独立性；其三，刑法如何适用具有独立性；其四，刑事裁判执行具有独立性。⑧刑事司法权发动具有正当性、独立性要求刑事司法活动必须根据刑事法律进行，这也表明罪刑法定原则是实现刑事司法独立的一个必要原则。而刑法如何适用的独立性是要求司法机关具有依法行使刑事定罪权和量刑权的自主性和独立性，这其中就包含着司法的自由裁量权，因此，司法的自由裁量权也是刑事司法独立的应有之义，可见罪刑法定原则和自由裁量在保障刑事司法独立进而促进刑法的独立性这一层面上是不冲突的，反而是一致的。因此，认为它们不能并存的观点是站不住脚的。但是，我们又必须承认罪刑法定对司法机关在刑事司法中的自由裁量权又是有一定制约的。
刑法是以刑罚强制力为内容的，它涉及到对公民的生杀予夺，如果对刑事司法的自由裁量权不加以限制，其危险是显而易见的。另外，刑法调整的都是非正常的社会关系，这也使它基本上能达到法定主义，因为犯罪这种反社会行为的种类毕竟是有限的，这一点也是同作为国家基本法的刑法和民法之间的一个很大的不同之处。民法调整的正常社会关系使其面临着无限广阔的调整范围，作到法定主义实为不能，因此它更强调适用的灵活性。法官在无明文规定的情况下，可以从基本原则中引申出实质的推理，必要的时候还可以引用习惯和进行类推。可见，刑事司法中的自由裁量权是小于民事司法的。因此，我们说由于各种法律本身的特点在法律适用中所要求的法官的自由裁量权大小是不尽相同的，所以不能对法官自由裁量权的大小一概而论的。
对于不同的人犯相同的罪名，考虑到不同人的各自的犯罪动机、个人情况而由法官对他们在法定的量刑幅度内处以不同的刑罚，这就是法官行使自由裁量权的一种表现，就这一点来讲，自由裁量权与罪刑法定原则之间是和谐的。而本人认为之所以有很多人认为罪刑法定原则与司法自由裁量权不能并存以及罪刑法定对自由裁量权的限制主要是集中在司法机关在行使自由裁量权过程中对法律漏洞的填补这个问题上。法律漏洞是指现行法律体系上存在着影响法律功能且违反法律意图的不完全性，其之所以存在的原因非常复杂，例如，立法政策上的考虑，立法技术上的困难，犯罪现象的变化等。这些因素都使得立法者不可能在立法时对各种情况作出毫无遗漏的规定，因此，法律漏洞的存在具有某种客观的必然性，任何国家都无法回避这一问题。在司法活动中，为了准确地适用法律，就需要对这些法律漏洞进行一定的填补。司法机关填补这些法律漏洞的最主要的方式就是对法律进行司法解释。罪刑法定原则对刑事司法自由裁量权的限制就体现在它要求司法机关只能对法内的漏洞，即不确定的法律概念和法律标准进行解释，将刑法规范实际蕴涵而被某些词语掩盖的含义揭示出来。如什么是“国家工作人员”，怎样才是“应当预见”、“情节严重”、“数额较大”，这种解释都是罪刑法定允许的。但是，对于法律规定不明确或法律无明文规定之事项，司法机关就不能找一个相近的法律进行类推解释。至于这些法外漏洞填补的问题就不是司法机关的事了而应交给立法机关去解决。但是我国在实践中就没有解决好罪刑法定原则与司法自由裁量权之间的关系，经常出现司法解释侵入立法领域的现象，这也给公众造成了一种误解，认为在刑事司法中是无法贯彻罪刑法定原则的。