1、自证其罪、片面相信和依赖口供
侦查、追诉及审判机关负有全面调查收集和提供证据的职责，所调查收集的证据必须具有证明有罪的可靠程度，并排除合理怀疑，是无罪推定原则的内涵之一。但在我国的司法实践中，由于受有罪推定观念的影响，侦查、检察及司法机关从一开始就视犯罪嫌疑人或被告人有罪，证明无罪的责任就由犯罪嫌疑人或被告人承担，犯罪嫌疑人或被告人不能提供充分证据证明自己无罪，就被视为有罪，既然有罪，其就应当在侦查、审判的任何阶段，对有关犯罪事实如实向司法机关陈述，无权保持沉默，否则被视为抵抗侦查和审判，认罪态度不好。由此，“坦白从宽、抗拒从严”这一中国特色的司法政策、量刑情节得以形成、保存，并影响至今。在自证其罪前提下，口供在定罪量刑中就起到了十分重要的作用。在有关报道中，甚至对法院在没有口供的情况下依据其他证据判令被告人有罪的案件，当作刑事司法理念革新的典型而加以宣扬，足见重口供意识的强大。
2、刑讯逼供此起彼伏
受刑事法律所规制，例如曾经轰动全国的“处女卖淫案”，由于不是发生在刑事诉讼过程中，即使出现严重后果，也无法律依据定罪处罚，所以这种行为大可肆无忌惮地发生。
3、滥用审前羁押措施，超期羁押现象司空见惯`
六、我国无罪推定制度完全确立的进一步措施
从理论和世界各国的法律规定中看，无罪推定原则还包括沉默权等一系列必不可少的具体制度，这在我国刑事诉讼法中还没有作出明确规定；同时，由于我国国情和现代法治建立的时间较短，人民群众的法治观念还不成熟，对于无罪推定的认识还需要一个过程，执法、司法人员素质有待提高。因此，全面确立并落实无罪推定原则，在我国还有许多工作要做。
1.在宪法中明确规定无罪推定原则。
宪法作为国家的根本大法，在法律体系中处于母法的地位，各部门法包括刑事诉讼法都要以宪法为依据，各部门法包括刑事诉讼法中重要的法律原则都应该在宪法中得到体现。从我国现状看，作为国家根本大法的宪法中没有规定无罪推定原则，实际上就出现一种局面，那就是刑事诉讼法对于无罪推定的规定缺乏宪法依据。
全面地系统地确立无罪推定原则，完善程序法律，对于保证国家权力在规范的轨道上正常运行，保证所有涉及刑事诉讼的公民真正以诉讼主体身份参加到诉讼中，保证公民个人在平等、民主的条件下与国家权力进行合理的对抗和争辩，具有重要意义，也是我国早日实现依法治国、建设社会主义法治国家目标的必然要求。
2.赋予公民沉默权。
所谓沉默权，指的是犯罪嫌疑人、被告人有权决定是否进行陈述或保持沉默，而控诉机关不得以国家强制权迫使犯罪嫌疑人和被告人就自己是否犯罪进行不利于自己的陈述。沉默权是无罪推定原则派生出来的重要规则之一，也是保证无罪推定的基础性条件。
关于犯罪嫌疑人、被告人的陈述，我国刑事诉讼法第九十三条规定，“侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当首先讯问犯罪嫌疑人是否有犯罪行为，让他陈述有罪的情节或者无罪的辩解，然后向他提出问题。犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答”。显然，这与沉默权的规则是背道而驰的。从举证责任上看，我国刑事诉讼法的规定了“谁主张、谁举证”，而犯罪嫌疑人如实陈述规定实际上要求犯罪嫌疑人证明自己有罪，变相地让犯罪嫌疑人承担了举证的责任。
3.确立非法证据排除制度。
所谓非法证据排除规则一般是指拥有证据调查权的主体违反法律规定的权限和程序所取得的证据材料不具有可采性，不能作为定罪与量刑的根据。这也是无罪推定原则的重要保障。
从我国刑事诉讼的实践来看，刑讯逼供、非法扣押、非法搜查等情况依然大量存在，以这些手段获取被告人口供和其它证据材料仍然在案件的侦查、审判中发挥作用。我国刑事诉讼法第四十三条规定“严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的收集证据”，但并未涉及以这些非法手段取得的证据是否可以作为定罪量刑的依据，法院在审判中鲜有对证据获取手段的合法性提出质疑，而是一律作为定案的根据；犯罪嫌疑人、被告人更是少有对证据的合法性提出怀疑。 为此，应该把非法证据排除作为刑事诉讼法的基本原则。在刑事诉讼法中明确规定，以刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述等，不得作为指控犯罪的根据。对于犯罪嫌疑人、被告人提出的对控诉方证据的合法性的合理怀疑，由控诉方承担举证责任。