税务人员自身存在的问题。税务机关征管工作量大，认为应由单位代扣代缴个人所得税，对这项税务工作不重视，把其放在可有可无的地位上，征管的积极性不高，很少对纳税人的资料进行统计、收入进行调查、税收时进行检查等工作，造成许多该收的税款未收上来。有个别税务人员，置党和国家的税收政策、法规于不顾，徇私枉法，滥用手中的权力，向纳税人“吃、拿、卡、要”，或者征收“人情税”，影响了纳税人的纳税积极性。
3.税务部门税制方面的问题
我国现行的个人所得税为分项所得税制度，对于纳税人取得的各项所得要分项扣除费用，分项确定适用税率，分项征税。分项所得税制度虽然可以充分利用源泉课征法，便于控制税源，节省征收费用，但是也存在一定的问题。首先，对纳税人各项所得的费用扣除标准是固定的，目前采用定额扣除或者定率扣除，但是每个纳税人的实际负担能力是不同的，现行税制在费用扣除上未考虑纳税人的家庭、婚姻状况、赡养人口等等情况，并且也未考虑物价状况，费用扣除标准近期内不变，不能很好地体现公平税负、量能负担的原则。其次，由于对纳税人的不同项目所得采用不同的费用扣除标准和不同的税率，易为纳税人通过分解收入、多次扣除费用、或者混淆收入来源的偷逃税款创造条件。另外，在税率的设计上也存在一些不合理的地方，例如对于同属于勤劳所得的工资薪金所得和劳务报酬所得税率却不一样，前者采用于5-45%的九级超额累进税率，后者采用20%的比例税率，不能很好地体现公平纳税的原则。由于税制的不完善，也在一定的程度上影响了税款的征收。
三．个人所得税的发展与完善思路
正如前面所讲的,个人所得税在筹集财政收入、公平社会财富分配、保持经济稳定和促进经济增长等方面具有十分重要的作用。但此作用的充分发挥，必须以个人所得税在整个税收中占有相当大的比重为前提。从我国现实分析，通过发展和完善个人所得税，逐步提高个人所得税的收入比重，不仅是必要的，而且是持久可行的。因此，针对上述存在的问题，我国应进一步改革和完善个人所得税制，为财政创收，起到良好的调节作用，让我们从多方面进行努力，促进国家财政经济的稳定发展：
1．建立和完善个人所得税的双向申报制度
双向申报是指在申报个人工薪之外，其他个人收入也要进行申报。这就首先要求税务机关积极推进全员全额管理。全员全额管理是我国个人所得税征管的方向，税务机关通过全员全额管理，可以全面掌握个人收入信息，实现对高收入者重点管理。围绕全员全额管理，各级税务机关要以信息化为依托，着重抓好两项工作：一方面，尽快建立起完整、准确的纳税人识别号，以此为基础，按“一户式”储蓄的要求，建立完整、准确的纳税人档案，对纳税人的收入与其纳税事项有关的各种信息进行归集和整理，并实施动态管理，逐步建全个人向税务机关申报收入的制度，及时进行核对和检查。另一方面，进一步推进代扣代缴明细申报工作，明确扣缴义务人的责任，要求凡是向个人支付收入的法人，都必须向税务机关申报有关表格以及资料信息，要对代扣代缴义务人进行个人所得税法规的培训，使他们能够正确掌握政策规定，正确地应纳税款。对于尽职尽责的扣缴义务人，要进行表扬和奖励，对于未履行扣缴义务的要追究单位法人代表和有关人员的责任。
在落实扣缴义务和双向申报的同时，对扣缴义务人和纳税人报送的个人收入信息进行交叉比对，建立起有效的个人所得税交叉稽核体系。积级建立和落实与各部门配合的协税制度，实现信息资源共享，同时按税收管理信息进行收集和交叉稽核，实现收入监控和数据处理的计算机化，在中央、省建立数据处理中心，并逐步实现税务与银行等部门之间联网，掌握个人各种收入，税务机关还应配合有关部门采取措施对征管的外部环境有所掌握。例如，与银行互联互通信息、个人从事活动记实登记并核对身份证、调整工资结构将职工发放各种形式收入统一纳入工资管理、通过银行发放工资并推行信用卡消费等，以便及时掌握全面来往与收入情况，并进行核对与检查。