一、纳税人认定变化新所得税法统一以法人为单位纳税。原所得税法下，内择企业所得税纳税主体为独立核算单位，外资企业则为法人。新所得税法下，无独立法人主体的分支机构可以汇总缴纳所得税。也就是说，企业在设立分支机构时，设立的分公司可汇总纳税，而设立独立法人的子公司，则要分别纳税。根据这一点，目前存在亏损子公司的企业集团，可考虑通过工商变更，将子公司变更为分公司，汇总缴纳所得税，从而可以互相抵减，降低所得税税负。企业在考虑设置非独立法人的分支机构时，还应考虑设立地地方政府的态度，因为所得税不在分支机构所在地缴纳，地方政府可能不欢迎分支机构的设立，由此可能会对投资环境设立一些地方性政策调整，对此应一并充分考虑。另外，新所得税法规定企业境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利，在汇总纳税时，应予注意。
二、税率的变化原内资企业所得税税率为33％（特区、高新技术企业为15％，全年应纳税所得额3万元-10万元的，为27％；3万元以下的，为18％）；外资企业所得税税率为30％，外加3%的地方所得税。
新所得税法规定法定税率统一为25％，国家需要重点扶持的商新技术企业为15％，小型微利企业为20％，非居民企业（末在中国境内设立机构场所）为20％。
应对税率的变化，具备条件的企业应努力向商新技术企业发展，用好用足新所得税法的优惠政策。另外，小型微利企业应注意把握新所得税实施细则对小型微利企业的认定条件，把握企业所得税率临界点的应用。
三、应税收入认定变化原所得税法规定应税收入为企业的生产、经营所得和其他所得，扣除税法规定准予扣除的项目（纳税人取得与收入有关的成本、费用和损失）后的余额，为应纳税所得额。新所得税法则规定应税收入为企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入（如财政拨款等）、免税收入（国债利息等）、各项扣除（成本费用等）以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
新所得税法下，应纳税所得额构成变动，所得税申报表的内容也将跟着变化调整，企业应注意应纳税所得额计算内容的变动、有关项目计算口径的变动、收入确定的变动以及税前扣除内容的变动等，准确把握，正确计算缴纳所得税，以免产生纳税风险。
四、税前扣除规定变化新所得税法对企业税前扣除的规定有较大变化，主要有：
1、取消计税工资规定。
新所得税法取消计税工资制度，对真实、合法的工资支出给予扣除，即对工资的扣除强调实际发生的、与收入有关的、合理的支出。取消计税工资规定对内资企业是一个很大的利好政策，但企业在作税前抵扣工资支出时，一定要注意参考同行业的正常工资水平，如果工资支出大大超过同行业的正常工资水平，则税务机关可能认定为"非合理的支出"，而予以纳税调整。
2、对公益性捐赠扣除放宽。
新所得税法对公益性捐赠扣除在年度利润总额12％以内的部分，允许扣除。原所得税法规定内资企业用于公益性、救济性捐赠，在年度应纳税所得额3%以内的部分，准予扣除；外资企业用于中国境内公益、救济性质的捐赠，可以扣除。
除了扣除比例变化，企业还应注意公益性捐赠扣除的税基不同。原所得税法为年度应纳税所得额，新所得税法为年度利润总额。如果存在纳税调整项目，年度利润总额与年度应纳税所得额是不同的数额，可能差距很大，企业在考虑对外公益性捐赠能否扣除时，一定要注意正确计算扣除基础，准确把握可扣除的量。