8.部分行政事业单位内部审计工作不规范。我国行政事业单位的内部审计同政府审计和注册会计师审计相比较，内部审计工作有较大的灵活性，但没有规矩不成方圆，内部审计作为一种内部财经监督工作，必须按照规范程序进行。虽然不少行政事业单位，特别是一些行业主管依据审计法规，结合各自的实际情况，开展了一些内部审计工作，但是仔细分析将不难发现，大部分行政事业单位的内部审计属于一种会计导向型审计，它主要检查本部门、本单位内部的会计记录是否正确，有无疏忽引发的错误，资产是否安全完整，计划是否完成，政策是否遵守等。这种会计导向型的内部审计在目前所开展的行政事业单位内部审计工作中属比较好的。有的行政事业单位所开展的内部审计工作基本是按照领导的意图随意开展，既没有按照一定的程序进行，也没有按照规章操作，因而常常使内部审计工作陷入无序状态之中，如超出职责范围审计、操作程序违规、审计方法和手段不当等，从而既影响审计的效率效果，同时也伴随着较大的审计风险的产生。
二、解决当前内部审计工作中出现问题的主要措施
1.通过综合手段，提高对开展内部审计工作的认识。行政事业单位内部审计作为行政事业单位的一种经济监督活动，不能削弱，只能加强。要把审计与强化内部经济监督管理联系起来。通过各种媒体的宣传、行政发文、政府审计、财政监督等手段提高行政事业单位领导、职工、财务人员、具体从事内部审计的工作者对搞好内部审计工作的认识，只有认识提高了，才能不断拓宽行政事业单位内部审计的路子，才能更好地发挥出内部审计保驾护航，服务本部门、本单位中心任务的作用。
2.建立健全独立的内审机构。行政事业单位，特别是行政主管部门设立独立的内部审计机构，是搞好系统内部审计的基本保证。在对行政事业单位机构实施改革的时候，我们不能强行要求各行政事业单位都要设立内部审计机构，但是各行业的行政事业主管部门应设立独立的内部审计机构，如果行业主管部门都没有独立的内部审计机构，势必不利于内部审计工作的正常开展。行业行政主管部门内部审计部门的独立性应强调与其它职能部门相对独立，特别要求的是与财务、纪检、监察部门分设，不能有行政隶属关系，内部审计机构要在本单位主要负责人的直接领导下，独立行使内部审计职能，对本单位主要领导负责并报告工作。
3.正确定位内部审计工作的落脚点，进一步明确内部审计工作的思路。行政事业单位内部审计工作必须把定位点确立在为部门或单位领导的决策当好参谋助手，促进加强部门和单位内部管理，规范其各项财务收支行为，提高社会效益和经济效益上。根据这种定位，衡量内部审计工作成效的标准，也主要应看其在定位点上的作用发挥得如何，而不能单纯地看查出了多少违纪违规问题和多少违纪违规金额。行政事业单位要搞好内部审计工作，必须坚持解放思想、实事求是、一切从实际出发，把思想从传统计划经济的束缚下解放出来，用市场经济的观点去观察、分析和处理审计工作中所检查出来的问题。及时向本部门、本单位的领导提出决策依据和可行性建议，为领导的决策服务，把服务寓于监督之中。在具体的审计工作中，对审计发现的问题要在弄清事实的基础上，分析问题产生的原因和后果，立足于帮助，使之改正或找出妥善的解决办法，恰当作出处理和给出建议。要正确地处理好监督与服务的关系，不能只讲监督不讲服务，也不能只讲服务不讲监督，不能把二者对立起来，而是要把二者统一起来。
4.建立健全内部审计规章制度，做到按章开展内部审计。坚持依法审计是提高行政事业单位内部审计工作水平的重要保证。为此，行政事业单位内部审计机构必须依据国家的审计法律法规和国家的财经法规建立内部审计规章制度，按照内部审计规范所规定的程序、方法、内容等开展各项审计工作，从而实现内部审计工作的法制化、制度化、规范化。为达到这个目的，首先，内部审计机构和人员应加强学习和培训，熟练地掌握有关法律法规和内部审计规范；其次，应建立健全内部审计的控制制度和激励机制以及责任制度，规范内部审计机构和人员的行为，克服工作的随意性和盲目性，切实维护内部审计工作的严肃性。