自1996年招商银行开通包括网上个人银行、网上实时支付等五大内容的网上业务以来，目前已有20多家银行的200多个分支机构建立了自己的网站，推出网上银行业务。1997年11月，中国保险信息网面向公众开通运行，现在国内28家保险公司都有自己的主页，网险、泰康等保险网站也应运而生。尽管我国网络金融发展迅速，但问题仍然较多。
1.经营水平不高。一是无纯粹的网上金融机构，现有网上业务规模不大。有无纯粹的网上金融机构是判断一国网络金融发展程度高低的标准之一。我国尚无纯粹的网上金融机构，网上服务大多通过金融机构自己的网站和网页提供，业务规模有限，收入水平不高，基本上处于亏损状况；二是网上金融业务具有明显的初级特征。我国的网络金融产品和服务大多是将传统业务简单地“搬”上网，更多地把网络看成是一种销售方式或渠道，忽视了网络金融产品及服务的创新潜力；三是网络金融各业发展不平衡。银行业、证券业的网络化程度大大高于保险业及信托业，这种结构的不平衡，不仅影响到网络金融业的整体推进，还有可能会影响网络金融的稳定及健康发展。
2.未能进行有效的统一规划。我国网络金融的发展因缺乏宏观统筹，各金融机构在发展模式选择、电子设备投入、网络建设诸方面不仅各行其道，甚至还相互保密、相互设防，造成信息、技术、资金的浪费和内部结构的畸形，不仅不利于形成网络金融的发展，还有可能埋下金融业不稳定的因素。
3.立法滞后。一是与市场经济发达国家相比，我国网络金融立法滞后。20世纪90年代，美国颁布了《数字签名法》、《统一电子交易法》等法律，解决了电子签名和电子支付的合法性问题。英国通过2000年5月施行的《电子通信法案》，也确定了电子签名和电子证书的法律地位，为网络金融的发展扫清了障碍。我国此类法律极为有限，只有《网上证券委托暂行管理办法》、《证券公司网上委托业务核准程序》、《关于鼓励利用INTERNET进行交易条例》等几部法规，并且涉及的仅仅是网上证券业务的一小部分。直到2001年7月9日，中国人民银行才颁布《网上银行业务管理暂行办法》，这个部门规章过于简单、量化标准几乎没有，可操作性差；二是与传统金融业务健全的法律体系相比，网络金融立法同样滞后。面对网络金融的发展和电子货币时代的到来，需要进一步研究对现行金融立法框架进行修改和完善，适当调整金融业现有的监管和调控方式，以发挥其规范和保障作用，促进网络金融积极稳妥地发展。
4.缺乏专利意识。随着外资金融机构加入我国网络金融的竞争，中资金融机构的软肋正在凸现，这个软肋不仅仅是技术问题，而且还有意识问题。自1996年起，花旗银行已向中国国家专利局申请了19项“商业方法类”发明专利，这些已申请专利多是配合新兴网络技术或电子技术而开发的金融服务和系统方法。目的是为了控制电子银行的核心技术，树立网上银行的领导地位。尽管目前中国尚未批准其申请的任何一项专利，但是根据专利申请“先申请先授权”的原则，一旦中国通过相关的法律，允许申请此类专利，中资银行进入某些市场将面临困难，要么交纳较高的专利费，要么被迫退出，甚至不得不支付罚款。即便中国不授权此类专利，当中资银行进入美国或者其它国际市场时，则必须面对花旗的专利壁垒。截至2001年，花旗银行总共取得的64项美国专利中，与网上银行相关的商业方法专利占了2／3.而中资金融机构对金融产品专利保护尚无概念，更谈不上制定相关的专利战略了。
5.体制性障碍不利于深化发展。我国目前实行的严格分业经营体制或许可以降低整个体系的风险，但各金融机构不能通过多元化经营分散自身风险，并且分业体制一开始就划分了网络金融各业的业务范围，削弱了它们的发展潜力，影响甚至抑制了我国网络金融的演进。另外，金融消费者无法享受到“网络金融超市”带来的全方位金融服务，也造成了网络金融效用的巨大损失。