进入20世纪后，随着传统国家向现代国家的转型，城乡的政治对立开始消除。最突出的是农民与城市市民一样取得一种抽象平等的国民资格和国民权利。正如哈贝马斯所说，“早期现代民族－国家的主要成就在于，它在一个新的世俗化了合法化形态基础上，提供了一种更加抽象化的社会一体化形式。这种一体化形式集中表现为民主法治国家的民主参与和公民资格，后者为一国领土内民众提供了‘一种通过政治和法律而表现出的归属感’。这种‘新型归属感’不是立基于共同体内人们族裔世系的一致性（事实上这种一致性已很难获得），而是通过公民个人权利和自由的法理建构，营造公民对国家共同体的认可。”⑤作为现代中国创始者的孙中山先生因此才有可能提出“平均地权”和“耕者有其田”的主张。特别是在建立现代中国的过程中，中国共产党领导的革命是一种动员底层民众（主要是农民）的革命，革命后建立的国家是以工农联盟为基础的国家。城市与乡村开始从政治上整合为一体。
但是，受历史条件制约，1949年后，城乡分化并没有因为国家的政治整合而消除，反而以新的形式进一步扩大。这在于，“人民自己创造自己的历史，但是他们并不是随心所欲地创造，并不是在他们自己所选定的条件下创造，而是在直接碰到的、既定的、从过去继承下来的条件下创造。”①那么，中华人民共和国建立后所继承下来的条件是什么呢？最主要的仍然是一个农业为主、农村人口为主的农民国家。而在一个开放的世界体系里，在农业和农民为主的基础上是无法建构一个强大的现代国家的。所以，新中国建立后，国家加速推进工业化，实行以工业为主导，以农业为基础的战略。为了推动以赶超欧美为目标的工业化，国家需要从农村汲取资源，并根据这一国家目标进行制度安排。由此所造成两个方面的结果：
一是工业生产方式的出现使得城乡的经济社会差距拉大。如果说传统社会的城乡分化主要是政治统治与经济基础的分化的话，那么，工业化过程中的城乡分化则是工业与农业两种文明形态的分化。这种分化更为深刻。因为，在传统中国，尽管城市是统治堡垒，但由于经济基础在乡村，任何一个统治者都得不“以农立国”，“以农为本”，社会价值所导向的也是“叶落归根”、“故土难离”。而工业化必然要求以城市为主导和归宿，由此形成城乡二元经济结构，乡村日益边缘化。
二是国家强制性的行政整合造成城乡隔离。为了保证城市优先和便于向农村汲取资源，国家通过一系列行政措施阻隔着城乡的一体化，在城乡二元经济结构基础上走向二元社会结构。这一结构主要由三大支柱构成。第一是世界上最为严格的户籍制及土地依附体制。户籍制不仅仅是用于登记人口，更重要的是与生产和生活资料、社会保障和社会福利密切相关。目的是将人口牢牢地固定在土地上，人们要跳出“农门”难以登天。第二是以农业产业为基础的农业税制。只要属于农业人口都必须缴纳税赋。特别是人民公社体制更加强化了农民的义务。其分配机制是“先缴公粮，后交余粮，剩下的才是口粮”。第三是公共物品的社区自我供给制。中国理论上虽然实行全民所有制，但在城市实行国有制，农村实行集体所有制。这不仅造成农村的生产和生活资料要依靠集体，而且公共物品的供给也只能依靠社区集体，如“民办教师”、“赤脚医生”、“乡村公路”等。尽管1949年后，国家在治理大江大河和兴修水利等方面取得了前所未有的成就，但是这种成就主要是组织化的农民所无偿提供的各种资源的贡献，由此产生的农业经济成果也主要为国家所获取。这便是尽管1957年后农业经济增长数倍，而农民收入长期停滞的重要原因。
所以，在1949年后的国家行政主导的工业化过程中，城市与乡村呈继续分化态势，而且造成制度化的隔离。1978年后的市场化改革开始突破行政整合的制度障碍。特别是土地承包经营制度极大地解放了农民，农村的经济社会获得了空前的发展。但是，经济的市场化并不能自然而然缩小城市差距，反而还会扩展差距，促进城乡分化。这首先在于城乡的天然条件差距。在马克思看来：“城市已经表明了人口、生产工具、资本和需求这个集中的事实；而在乡村则是完全相反的情况：隔绝和分散。”②市场的核心要素是资本。资本的天然目的是追逐利润。市场经济作为一种资源配置的机制总是将资源配置到最有利可图的地方。相对分散的乡村来说，集中的城市具有天然的优势。所以，市场经济的发展，是资源迅速向城市集中的过程。由此会造成城乡的分化和差距。而在缩小城乡差距方面，市场是“失灵”的。换言之，市场经济本身不可能实现城乡发展的自动平衡。更重要的是，随着现代化向乡村的蔓延，国家给乡村下派的任务和确定的标准愈来愈多，而要实现这些任务和标准所需要支付的行政成本却需要由农民支付。在这种情况下，农民的收入增长难以跟上其支出的增长，特别是农民负担日益加重。与迅速繁荣的城市相比，农村发展严重滞后，城乡差距进一步扩大。城乡居民收入差距自1997年之后连年明显扩大，2005年仍维持在3.21：1.有的统计在5倍以上。即使2004年农民人均纯收入达到2936元、终于走出"八年徘徊"，也只是恢复性增长。由于长期延续的城乡二元结构，不仅造成城乡经济差距拉大，社会发展和生活质量的差距也十分明显。至2005年，全国有一半的行政村没有通自来水，60%以上的农户还没有用上卫生的厕所，有近7000万户农民的住房需要改善，1.5亿农户需要解决燃料问题，6%的行政村还没有通公路，2%的村庄还没有通电，6%的村子还没有电话。农民手里没有钱，农村各项经济社会事业投入不足，后果不仅是缺水少电、交通不便等影响到农民生活质量，甚至基本的看病就医、读书上学也难以满足。据卫生部估计，全国农村人口中40%到60%，看不起病或因病致贫。一些贫困地区，尤其是西部，60%到80%的患病农民死在家中。湖南的一项调查则表明，农村孩子从进学校门到高中毕业，在上世纪80年代共需支出108元，90年代需支出约8000元，到2004年则需支出约3万元。