随着农村经济体制改革的深入，构筑健全完善的农村社会保障体系显得更为紧迫。作为农村社会保障体系重要内容之一的合作医疗制度，多年来为保障广大农村居民身体健康，促进农村经济社会发展发挥了重要作用。然而，许多同志在实践中都有体会，办合作医疗是好事，但是这样的好事却非常难办，面临的困难和问题很多。
1 农村合作医疗面临的主要困难
一是认识难统一。合作医疗的参加对象是农民，农民对合作医疗的认识和接受程度至关重要。在农村经济条件还不宽裕的地区，农民希望有合作医疗，但对医疗消费又存在着侥幸心理，与吃饭、穿衣、孩子上学等刚性支出相比，看病花钱是次要的、随机的，对潜在的医疗风险缺乏足够认识，没有一种固定的医疗消费投入意识，在一些因管理不善，合作医疗出现过反复的地区，农民还容易对合作医疗的作用产生误解。合作医疗的组织发动主要靠乡、村基层领导干部，他们对合作医疗的认识和支持程度往往决定了能否办成和巩固与否。举办合作医疗不加引导，完全靠农民自发形成是不现实的，需要一个有效的组织机构来实施。在宏观政策不宽松的情况下，如果他们面对困难退缩不前，有怕“麻烦”的思想，合作医疗是很难实施的。乡村卫生机构是基本医疗卫生服务的提供者，他们对合作医疗态度直接影响着合作医疗的操作和运转，其中乡村医生对合作医疗的支持程度非常重要，在一些不能很好落实乡村医生报酬，村医报酬单纯靠业务收入解决的地区，乡村医生对合作医疗的消极抵触情绪就比较严重。
二是资金难筹集。无论现在，还是将来，国家因财力所限不可能对农村合作医疗有很大的投入，更不可能把农民的医疗问题全部包下来。随着农村乡镇企业经营机制转换，集体经济的支持水平也很有限。合作医疗经费除了一部分可来源于政策允许的已列入村提留公益金范围外，其余大部分必然是以农民群众个人交纳为主。然而广大农民是现实主义者，他们欢迎合作医疗制度，但涉及到交纳费用时，又往往是有选择的接受，从个体内在的需要出发，年老多病的愿意参加。片面理解遵照“自愿”的原则举办合作医疗，是无法体现出互助共济精神的。1998年6月4日，国务院发布的《粮食收购条例》，再次重申“不得在粮食收购现场坐收统筹款、提留款及其他任何税费”，采取户缴户结办法，更是加大了合作医疗经费筹集难度。客观的经济发展水平，过多的农民负担项目，制约了农村合作医疗发展，使得合作医疗资金的筹集一直很难形成一种有效的机制，从而决定了合作医疗资金收集的分散性，参加对象的波动性和工作的反复性。
三是政策不过硬。近年来，国家比较重视合作医疗建设，在众多决议、会议中强调要积极发展和完善合作医疗，也专门转发过卫生部等部门的文件，提出了加强合作医疗工作的意见，要求进一步深化对合作医疗重要性的认识，本着“自愿、适度、受益”的原则举办合作医疗，这是在当前形势下举办合作医疗的基本方针。但是，一般性的文件和会议要求，缺乏法律约束力，很容易与有关政策发生冲撞，由于没有硬性政策支撑，尽管卫生部门克服了诸多困难，做了大量工作，但还是很容易反复。由于国家还没有把合作医疗纳入强制实施的法律范畴，合作医疗的法律地位不能得到确认，因而在部门认识上有时难以取得共识。在举办形式上，难以摆脱在低水平、低层次上运行。然而，国家对城市职工医疗制度改革十分重视，即将以行政法规的形式加以推行，这无疑促使了城市基本医疗保障制度的建立。
从合作医疗运行情况看，往往依赖于行政干预。为了统一思想，加大工作力度，许多地方都把这项工作作为“一把手”工程，采取签订责任书的形式，与有关人员的工作实绩考核挂钩，以此促使基层干部参与合作医疗的组织发动和实施，但是这种行政措施是不可靠的，一旦宏观政策有所变化，或受到一个地方中心工作的影响，合作医疗就很难再作为一项重要工作来抓，就会处于滑坡解体的境地。我省一些县乡一届政府换届，干部的认识和重视程度发生变化，合作医疗覆盖面就会受到程度不同的影响。