4.2“微观辨证”的局限性 “微观辨证”虽可以在较深层次上认识和辨别“证”，但“微观辨证”无法脱离现代医学一些固有的局限性和机械性。因此，实行“微观辨证”必须坚持以中医基础理论为指导，不能简单用一些现代医学微观指标同中医“证”划上等号。中医的“证”都有其明显的整体性，任何一个微观指标都难以全面阐释“证”的本质，只能从一个侧面说明部分问题。所以，实行“微观辨证”必须强调多指标合参、同步观察，这样才能对各种“证”的认识更趋全面并使“微观辨证”研究不断深化。
5“微观辨证”发展存在的问题
“微观辨证”一经提出就招致了众多的争议，大致围绕以下几个方面。
5.1中医证候尚未规范化 证候规范化包括“证”名称的规范化、构成“证”的症状的规范化、“证”分类的规范化以及“证”诊断标准的规范化等。若中医证候的这些相关概念没有进行规范，就会导致“证”的相关性研究（包括基础与临床）可能出现差异，因而“证”的规范化研究便成为“证”本质研究得以进行的先决条件。证的规范化研究从20世纪80年代始，进行了许多工作，但仍未解决根本问题，即从此类研究最初所提出的4项内容（证候概念、证候分类、证候命名、证候诊断）与1个目的（形成各地统一的标准）来看，现况是4项内容均未达到统一。目前“证”本质研究仍然在缺乏统一标准的状态下进行，这无疑是“微观辨证”发展所面临的最为严峻的问题。
5.2微观指标单一性与整体性的矛盾 中医“证”是疾病发展过程中某一阶段的病理概括，都有其明显的整体性，也就是说，每个证候都必定涉及到多个器官或多个系统的病理改变，这些改变具有多方面和多层次的物质基础；而通过各种现代医学检查所获得的某种微观指标却有其明显的专一性及客观性，只能阐释“证”本质的一个方面，而无法概括“证”的本质。如：肝郁气滞证就涉及到现代医学神经内分泌、血液动力学、微量元素以及免疫等多个方面，其中任何单独一项检查都不可能穷尽肝郁气滞证的本质。所以，使“微观辨证”合理有效地运用于临床就必须强调多指标合参。微观指标如何选择，从哪个层次上选择才能与中医某个“证”具有良好的对应关系，才能与“证”的诊断具有相关性，这是“微观辨证”发展的一大困惑。
5.3微观指标与证候对应的非特异性 微观指标与证候之间的对应是非线性的关系。至今尚未找到具有相对排他的某一或某些理化指标可以作为某一证候的判断标准［11］。在以微量元素为指标的研究中，肺气虚证血清锌低下，与脾气虚证、脾阳虚证的情况相似［12］。在肾阳虚证研究中被采用的24 h尿17羟类固醇指标，在脾阳虚证中其含量值降低，在胃阴虚证中亦降低［13］，表明该指标与上述证候关系的非特异性。
5.4疾病对“微观辨证”产生的影响 “微观辨证”的研究还面临另一大困扰，即如何将“证”的微观指标从病的微观背景下区分开来，也就是说要能够辨析某一微观指标的改变不是病的普遍影响而是“证”的特异结果，而这又恰恰是“微观辨证”研究中必须预先解决的问题。如肾炎病都有高黏状态，而肾炎病中的血瘀证与非血瘀证如何区分？其它如冠心病、肝硬化等疾病都有这种现象。
5.5“证”本质研究与临床治疗脱节 沈自尹［1］把“辨证微观化”定义为：“辨证微观化，则是综合了多方面微观辨证的信息，结合中医传统的宏观标准，并通过临床方药治疗的反复验证，以期逐步建立辨证的微观标准，并用以进一步指导临床实践，简言之，是探索各种证的微观标准”，这个概念中明确强调了“微观辨证”和“辨证微观化”的建立需要通过临床方药治疗的反复验证。现在有很多研究只是对某种病或某几种病进行一次辨证，然后再进行某项指标的检测，最后经过统计分析得出结论。这种没有经过治疗反馈的研究方法不切合临床，只有一组有序的症状（体征）通过一组有序的药物治疗后取得疗效，这组症状（体征）才能称之为“某证”。“微观辨证”需要经过不断的诊断、治疗实践的反馈、修正过程才能逐渐发展完善起来。