中医学是中国传统中宝贵的文化形式，是中国科学的代表形式之一，是中国生命科学的重要组成部分。在中国文化发展的历史长河中，中医学的进步不但对中华民族的生存、繁衍有过不能以其它文化形式可替代的作用，也由于其坚实的本体论基础而持久的影响了中国文化发展的理路，“儒必通医”就是最好的说明。
近代以来，随着西学东渐的历程，西方的医学思想和医疗模式也开始输入中国。由于西方医学在治疗技术上的方便性，使之国人在医疗实践中能够接受西医的治疗方式，但是，正是这种实用主义和“全盘西化”的价值承诺形成了对中医学和中国文化的否定思潮。表现在思想形式上，由于自五四以来的“全盘西化”思潮对中国传统文化的全面否定，数典忘祖、思想浅薄、急功近利成为学术思想界的主流之后，中医学也成为被否定的内容之一。为了提供否定中国文化的理性基础，自觉的不自觉的以西方的哲学思想判释中国文化的方法就成为时代的风气，以西方的医学模式判释中医学以比较两者的优劣，成为这个时代中医学研究的重要特点。如果说以西方医学技术上的特点做为可接受的标准还带有实用主义的特点，从而还能在经验论的层次上证明理性的必然，那么，以“全盘西化”对中国文化及其对中医学的否定就是对中国文化理性自觉的背叛，而成为厚西薄中的思想方法了。
时至今日，随着对西方科学文化产生的一系列误区的深入认识，中医学在医学实践中的特殊的、基本的疗效被肯定，中医学也日渐受到重视。但是，对中医学的肯定仍然是在经验论的层次上，远没有在哲学理性上实现自为而自在的统一。尤其对于解决这一已经产生了几千年的中医文化的继续发展的理路问题而言，就更需要哲学的根据和支持。
问题表明，对中医学的正确认识及其发展理路的研究，首先需要中医哲学的研究作为基础。然而，以我们已经熟悉并习以为常运用于思想的西方哲学思维进行中医学的哲学研究，是不能产生正确的结果的。以西方哲学的模式为坐标系进行中医学的研究，其结果只能是南辕北辙。正确的方法是，应对中国文化之所以能产生中医学的哲学思想进行发掘，进而研究中医学的科学性，以对中医学的发展方向作出推定。这些是研究中医学发展应解决的基础理论问题，应当成为一切关心中医学发展的学者应投以相当大的精力进行研究的问题。
但是，对于中医学发展方向的困惑而言，面对的问题既是中医哲学带来的也是以哲学对中医学提出的本体论承诺出现的。这表现为一个问题的两个方面，一方面是中医学学科的科学性及其产生的哲学基础与我们所熟知并运用自如的现代科学和哲学对其进行研究而产生的误区，另一方面则要求中医学本身能证明自身的科学性和哲学基础，即中医学的学科性在本体论哲学的支持下表明其科学形式与哲学方式的统一 ──中医学是中国哲学形而中论的自在自为的统一。
就中国哲学的基本原理进行研究，其表明的哲学原理与中医学有怎样的相关性以及中医学表现出怎样的规律，是中国哲学研究中的重要组成部分。中国哲学和中医学的关系，表明了中医学的思维方式在与中国哲学的基本规律的统一性中展示出的科学上和文化上的重要意义。如果说由于中国文化的哲学基础生成了中医学的学科形式，从而表明了中国文化的一以贯之的理论特点，那么，中医学就在其内容和形式中展现出的基本规律将代表中国文化和哲学的基本形式。因此，应当说，进行中国哲学研究──真正想探索中国哲学奥秘、并认为中国哲学是不同于西方哲学的、具有独立的哲学形式，就应在《周易》、《道德经》和《内经》及《论语》等儒家和道学经典的研究上下功夫，这是研究中国哲学的基本方法，同样，这也是研究中医哲学的基本方法。
对中医学的哲学思维进行的研究，以发现其基本规律，这是中医学的基础理论问题，这已成为现代以来中国哲学研究中的重要内容之一。但是，由于近代以来的西学东渐产生的“全盘西化”、西体西用的理性进路，所以，目前的研究结果表明，和以西方哲学推定中国哲学的研究一样，中医学的哲学研究无不是以西方哲学的思维方式、概念、范畴及科学模式对中医学的思维方式、概念、范畴及科学模式进行西化式的推定。从产生的研究结果而言，由于脱离了自在的中国文化的基础──中国文化对哲学的承诺及其原理的推定，应当认为这些推定的结果根本不是中国哲学或中医哲学的本来面目，而只是西方哲学和西医学对中医学理论的异化。