四、审计的报告、结论不同
财务收支审计对发现的违纪违规等问题，只作出不真实、不够真实、或不合规合法等审计结论，或经过审计证实其真实、基本真实、或合规合法，并针对存在问题直接提出审计处理意见和建议。而经济责任审计结束后，审计人员要将审计内容归类汇总写出结果报告，除财务方面不仅要作出是否真实合规合法的结论外，还要对领导人所在部门，单位各项财产，财务等家底状况以及审计时间界限作出全面结论，对领导人任期内应履行经济责任作出客观公正反映与评价，为上级部门选拔任用干部提供客观依据。
五、资料的取证与核实也不同
财务收支审计的有关资料，可直接从会计报表、账雹凭证中取得，并通过计算核实。在经济责任审计中，有的可从财务收支审计中取得，有的需要通过外埠取得，如对项目投资决策审计时，就需要从有关合同，有关企业账表以及有关部门经济计划统计等资料中取证。
总之，财务收支审计可以为经济责任审计提供最基本内容，但经济责任审计则包含着财务收支审计内容。在一定意义上讲，财务收支审计是一种专项审计，而经济责任审计则具有全面审计的性质。与财务收支审计不同，在经济责任审计中一般还应注意以下几点：
1．开展经济责任审计，应根据任务的要求，要兼顾到财务等各方面的人才，对重要审计事项应坚持审前培训，以便使审计结论更具客观公正，全面真实，保证审计质量。
2．关于经济责任的时间，要尽量做到与现行财务、会计和统计报告期相一致，截止时间可考虑定于年底、季末或月末，以便核查。对任职期限较长的领导人的审计，要抓住重点，可考虑以近几年的工作为主。
3．经济责任审计的内容要注意可比性，如对比有关财务经济指标，要注意与其历史同期数或同行业先进水平相比资料的真实性，以便正确地反映业绩。
4．对经济责任审计中查出的问题，要及时向有关部门反映，在审计职权范围内，应尽量提出处理意见和建议；对移交处理的有关事项，应督促有关部门及时处理，避免悬而未决的事项。
5．经济责任审计应实行下查一级，即哪一级任免管理的干部，由哪一级负责审计。
6．要严格按审计规程办理，对查出的问题，必须有根有据，能经得起历史的检查，减少审计风险。
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