审计人员在选择评估方法时，要注意区分不同方法的特征与适用性。一般而言，贴现价格法把企业未来收益或现金流量反映到当前的决策时点，能够反映目标企业现有的资源的未来盈利潜力，理论上的合理性易于为并购双方所接受，但是预测未来收益的主观性太强，有时难以保证公平。贴现价格法需要估计由并购引起的期望的增量现金流量和贴现率（或资金成本），即企业进行新投资，市场所要求的最低的可接受的报酬率，程序包括预测自由现金流量、估计贴现率或加权平均资本成本以及计算现金流量现值、估计购买价格，主观判断的因素很强。市盈率法操作简便，但需要以发达、成熟和有效的证券市场为前提，而且涉及大量的职业判断和会计选择，比如应用市盈率法对目标企业估值时，需要选择、计算目标企业估价收益指标，可采用的收益指标包括：目标企业最后一年的税后利润；目标企业最近三年税后利润的平均值；目标企业以并购企业同样的资本收益率计算的税后利润。在选择标准市盈率时，可以选择在并购时点目标企业的市盈率、与目标企业具有可比性的企业的市盈率、目标企业所处行业的平均市盈率。因此，当审计人员面临不同的方法选择时，应当考虑在风险和成长性上的综合性与可比性。重置成本法没有对企业进行全盘统一考虑，不适用于企业无形资产规模较大或品牌资源丰富的情况。
（二）确定换股比例方法的选择
在以往的案例中，清华同方吸收合并山东鲁颖电子股份有限公司，折股比例为1.8：1；华光陶瓷以1.29：1的比例吸收合并山东汇宝集团股份有限公司；正虹饲料吸收合并湖南城陵矶，折股比例为3：1；浦东大众吸收合并无锡大众出租汽车股份有限公司，折股比例为1.25：1.那么，折股比例的确定有什么样的方法呢？
1.换股比例等于每股市价之比
在成熟发达的股市，上市公司的股票价格及其变动基本上可以反映公司的实际价值及其变化。但证券市场并不全是充分有效的，每股市价不但要受当前企业盈利能力和未来成长性的影响，也受投机因素和内幕信息的影响。在投机性较强、缺乏效率的股票市场，股票价格很难准确反映企业的盈利能力和实际价值，不适于采取每股市价之比确定换股比例。
2.换股比例等于每股收益之比
企业的财务状况与经营成果的优劣最终都将反映到企业的盈利能力上来，而每股收益则是国际通行的对企业整体盈利能力的反应指标。这一方法的缺点是：没有剔除非正常收支对企业每股收益的影响程度，也没有考虑未来的收益和风险。如果提高这一方法的精确性，可以把预期盈利增长和风险因素考虑在内，计算预期每股收益，用企业预期每股收益之比来确定换股比例。
3.换股比例等于每股净资产之比
净资产是企业长期经营成果的账面价值，能够比较客观地反映企业的实际价值，尤其是经过注册会计师独立审计之后，更能增强这种价值的客观性和真实性。但是，由于账面价值在很大程度上受会计政策和会计处理方法的影响，而且是建立在历史成本基础上的，不能反映考虑货币购买力的变化，也不能反映账外无形资源对企业未来发展可能产生的重大影响，只能适用于账面价值较为真实，且合并双方实力接近、发展状况类似的企业合并。
在我国已发生的上市公司吸收合并案例中基本上采取了对这一方法进行改进的结果，在账面价值的基础上，以收益现值法对参与合并的企业进行合理评估，以评估后的每股净资产确定换股比例，也就是以下的换股计算方式：
折股比例=（合并方每股净资产/被合并方每股净资产）x（1 加成系数）
即以账面价值原则为计算基础，企业内在价值中涉及复杂推算的部分及融资能力、商誉等方面则以一个加成系数来反映。加成系数的确定是否充分反映了两公司相比较的价值比例关系，是否充分反映了合并双方股东的利益，在实践和理论上都存在探讨余地，审计人员在价值评估方面的专业技能和创新能力都需提高
在清华同方合并山东鲁颖电子的典型案例中，就使用了这种改进后的净资产比例法来确定换股比例。根据注册会计师的审计结果，截至1998年6月30日，清华同方每股净资产为3.32元/股，山东鲁颖电子每股净资产为2.49元/股由于清华同方是上市公司，主营计算机和信息技术开发业务，发展较快，未来盈利空间较大。经过双方讨价还价，确定加成系数为35％。由此确定换股比例为1.8：1，即以每1.8股鲁颖电子股份换取清华同方普通股1股