6、对独立董事的任职资格和独立性进行审核的权力由公司所在地中国证监会派出机构行使转为中国证监会行使。
《指导意见》规定“在选举独立董事的股东大会召开前，上市公司应将所有被提名人的有关材料同时报送中国证监会、公司所在地中国证监会派出机构和公司股票挂牌交易的证券交易所”。而 《征求意见稿》仅规定“上市公司应当将上述情况同时报送公司所在地中国证监会派出机构和公司股票挂牌交易的证券交易所备案”。 《征求意见稿》规定“上市公司所在地的中国证监会派出机构对当选独立董事的独立性进行认定”，而《指导意见》规定“中国证监会在15个工作日内对独立董事的任职资格和独立性进行审核”，审核内容不仅包括独立性，还包括任职资格。
7、增加了独立董事对关联交易的特别职权。《指导意见》规定“重大关联交易（指上市公司拟与关联人达成的总额高于300万元或高于上市公司最近经审计净资产值的5％的关联交易）应由独立董事认可后，提交董事会讨论；独立董事做出判断前，可以聘请中介机构出具独立财务顾问报告，作为其判断的依据。”而 《征求意见稿》对独立董事就重大关联交易的权限仅仅是“发表独立意见”，并且也未对重大关联交易进行明确界定。对重大关联交易的认可权力是独立董事保护中小股东利益不受侵害的实质性权力，有了这一权力，上市公司肆无忌惮地进行关联交易就得三思了。
8、除其他重大事项外，《指导意见》规定了独立董事必须就“提名、任免董事”、事项、“上市公司的股东、实际控制人及其关联企业对上市公司现有或新发生的总额高于300万元或高于上市公司最近经审计净资产值的5％的借款或其他资金往来，以及公司是否采取有效措施回收欠款”事项发表独立意见。这一方面加大了独立董事的责任，另一方面又保障了独立董事的发言权。
9、《指导意见》将《征求意见稿》就独立董事行使特别职权的条件即必须“取得全体独立董事一致同意”修改为“独立董事行使上述职权应当取得全体独立董事的二分之一以上同意”。这一修改无疑是恰当的，原《征求意见稿》使独立董事行使职权受到很大限制，因为它要求“一致同意”。
10 、明确规定“独立董事聘请中介机构的费用及其他行使职权时所需的费用由上市公司承担”。
11、对个别用语作了更准确的界定。一是上市公司应当给予独立董事适当的“经济补偿”改为适当的“津贴”；二是将上市公司可以建立必要的独立董事“责任补偿制度”改为“责任保险制度”。
二、中国上市公司独立董事制度与国外公司的独立董事制度比较
1、独立董事的人数及其在董事会中的比例
英国Cadbury报告4.11条指出，“董事会应至少有3名非执行董事”，“另外，三人中二人应具有独立性；”《美国商业圆桌会议公司治理声明》指出，“对于一家大型公众公司的董事会而言，相对于管理层保持实质上的独立性是重要的。相应的，该公司的董事的多数应该是外部董事（非管理层）；”《道.琼斯公司治理原则》规
定，“董事会中外部董事必须占多数；”。由于看到了日本治理模式的弊端，日本经济同友会发起制定了《日本公司治理原则》，《原则》规定“社外董事应过半数”。在股权比较集中的韩国，其《韩国公司治理最佳实务准则》规定，“上市公司至少任命其1/4的董事会成员为外部董事。银行与公共服务公司董事会中外部董事的最低比例为1/2”。而中国《指导意见》将独立董事的人数规定为“至少2名”；比例“至少包括1/3”。中国和英美不同，股权非常集中，将独立董事的人数和比例作如此规定是做出了很大努力的，其“至少1/3的比例”就高于同样股权集中的韩国。但由于股权比例的原因，不可能象英美那样在董事会中居支配地位，因此，必然是弱势群体，这就需要我们在特别职权和发表独立意见上对独立董事进行授权，以此对抗大股东的“团队优势”。