调解追求的不是法律上的公平合理，合法原则是为了防止损害第三方利益的恶意调解。如果当事人自愿放弃部分权利以尽快解决纠纷，也是其两相权衡之后，认为于己有利而决定的。因而应尊重当事人对自己权利的处分，不应以法律错误或显失公平为由干预调解。
查明事实，分清是非无助于调解的达成，也并不现实。案件事实与是非是否清楚实际上与调解的合法性或有效性并没有必然联系。因为若强调事实清楚分清是非则须进行严格调查，从而耗时、耗资，牺牲程序利益。当事人选择调解方式解决其争议，是由于调解的经济效益，而非查明事实，分清是非。过于强调查明事实，分清是非混淆了调解与审判的区别，缺乏实际操作性。
其次，调解程序的设定不健全。
1、庭前调解的适用条件不规范、不明确。法院调解可在诉讼终结前的任何阶段进行，法官启动调解程序的随意性较大，承办法官与合议庭认为必要时可以随时组织当事人调解，造成诉讼调解中法官中心地位和主导作用过于突出，双方当事人诉讼权利受到一定压制，当事人自由选择纠纷解决方式的诉讼权受到侵害，同时也为“强制调解”、“恣意性调解”留下了广泛的空间，失去法院调解所具有的独特的公正价值。因此，有必要对调解的前提条件作一个更明确、更具体化、更适合司法实践的规定，使之符合公开原则之规定。
2、在调解的主体上，法律并没有规定具体的调解主体。《民诉法》第86条规定人民法院进行调解可以由审判员一人主持，也可由合议庭主持，但从司法实践看，为提高办案效率，法院调解几乎百分之百由审判员一人主持。即使是适用普通程序审理的案件，合议庭进行调解也仅仅是流于形式，实际上是由承办人一人说了算。这就容易造成办人情案、关系案，甚至造成严重侵犯一方当事人权利的情况。
3、在调解的期限上，法律没有明确的规定。《民诉法》规定，“调解不成的应及时判决”，但并未规定调解的期限，往往是当事人已经就某一事实明确表态不能接受调解，而法院仅仅以调解没有期限的规定进行拖延，使当事人在心理上造成疲态，从而不得不接受调解的结果。