从行权时Y公司的上述会计处理上来看，笔者认为存在三个问题：第一，将股票市价与行权价的差额计入了股权分置流通权的成本的同时又计入了投资收益，夸大了股权分置流通权的成本。在认购权证持有人行权的情况下，非流通股东实质上是以行权价出售相应的股份给流通股东，取得行权价款时确认所被行权部分股权的损益只能是行权价与每股账面价值之间的差额部分，而不应该是行权时所行权部分的股票市价与行权时相应股权投资账面价值差额部分，被备兑股票其市价与行权价的差额并未实现，将这部分差额也计入投资收益违背了谨慎性原则。第二，非流通股东其股权在股权分置改革前一般是不可能按流通股份在证权市场上的市场价出售的，即在股权分置改革前股票市价与长期股权投资账面价值之间的差额只是对流通股东存在，非流通股东并不存这个差额，非流通股东以高于其股权账面价值的市价出售并不是股权分置流通权的成本，而是一项非流通股因为有了在证券交易所的流通权而取得的流通权溢价收益，是非流通股东因为进行股权分置改革而获得的一项利益。所以当行权价高于股票账面价值时，行权价与股票账面价值之间的差额不应该被确认为股权分置流通权成本，而应该是一项投资收益，即应作为股权分置流通权成本的减项来处理。第三，计算股权分置流通权成本时在时点的选择上存在问题，这样处理使得在采用权证方式进行股权分置改革时对取得流通权的成本既不能预计也不合理。因为在证券市场上包括上市公司自身业绩等各种因素都会导致股票价格的波动，从而影响到行权时的股票价格，流通权的成本将会随着股价的波动而发生变化，而我们将包括公司业绩产生的每股账面价值变化等因素导致的股价变化等均算在股权分置改革流通权的成本中是不合理的。基于这一点笔者认为，作为股权分置改革的成本不应由不确定的改革后的证券市场上股票价格的涨跌来决定，而应该是在改革并确定方案时就应该能够确定。
根据以上分析笔者认为非流通股东在计算股权分置流通权的成本时应该在现行的计算方法下进行修正。计算股权分置流通权成本或收益的一种比较合理的办法是以股权分置改革时每股的账面价值作为基准来计算，即股权分置流通权成本应该是方案确定时长期股权投资账面价值与认购权证行权价之差额部分。在发行认购权证的情况下，当认购权证行权价大于所行权权证对应的股权投资帐面价值部分时，则说明非流通股东因权证持有人行权而取得了该部分差额的投资收益，这可以把它看成是非流通股东以高于其每股账面价值的售价出售其股权；而当行权价小于行权权证所对应的股权投资帐面价值部分时，则流通权成本为正，说明非流通股东是以低于其每股账面价值出售了股权。相反，在发行认沽权证的情况下，认沽权证行权价大于相应股权账面价值的部分作为股权分置流通权成本，如果认沽权证的行权价小于相应股权账面价值的部分，则不存在股权分置流通权的成本。
例如在上例中根据修改的股权分置流通权成本计算的办法，Y公司的股权分置流通权成本=（股改时每股净资产－确定的认购权证行权价）×所行权的股份数=（3－4）×800=－800万元。由于计算的流通权成本为负数，所以该例的股权分置流通权的成本实际上是通过股权分置改革而获得的一项收益，但800万元的收益在股权分置改革发放权证给流通股东时并未实现，到行权时这800万元的收益中，其中580万元为发放权证给流通股东至行权时上市公司实现的利润中属于非流通股东的那一部分，该部分已计入投资收益之中，另外320万元为行权行权价与股票行权日账面价值的差额。合理的做法是在非流通股东备兑了800万股的X公司股票后Y公司应编制会计分录：借记“银行存款3200”，按结转的长期股权投资账面价值，贷记“长期股权投资2880”，（其中“投资成本800”，“损益调整1680”，“股权投资准备400”），按上述两个科目余额之差，贷记“投资收益320”。这320万元的投资收益可以理解为非流通股东实际上是以4元的价格向流通股东出售了每股账面价值3.6元的800万股X公司的股票，实现投资收益320万元。