优化税制结构是指，符合一国社会经济发展状况及需要的税制结构就是优化的税制结构。从世界各国税制来看，大多数发达国家实行以直接税为主的税制结构。发展中国家因经济发展水平较低，人均收入水平不高，征管手段相对落后，市场机制不健全，因而大都实行间接税为主的税制结构。
流转税具有征收面广、收入稳定、易于征管等特点。我国现行税收制度在目前和今后相当长时期内对我国基本适用，但目前流转税比重大，所得税比重过小影响了双主体的形成。借鉴国际经验，我国当前应合理调整直接税与间接税之间的比例，逐步加大直接税在税收总额中的比重，逐渐形成以流转税和所得税并重的双主体结构。
（二）完善税种
1、关于完善增值税问题：
（1）征税范围问题。一些专家认为，我国现行增值税征税范围的优化，关键不是要不要扩大到劳务领域，而是在劳务领域覆盖到何种程度的问题。在操作上主张循序渐进，分步互位。但在具体征税范围的确定上，有不同看法。一种意见认为，鉴于征税范围的扩大对地方财政收入和增值税管理规范的影响，以及现有征管能力的制约，先期可考虑对增值税扣税链条影响较大。也便于操作实施的交通运输业和建筑安装业纳人征范围。另一种意见认为，当前应尽快将那些与货物交易密切相连，与抵扣链条的完整性关联度高，与增值税的规范操作抵触较大，管理上便于操作实施的劳务纳入征税范围。第三种意见认为，应将增值税的课税对象扩大到全部商品和劳务的销售，解决现行增值税“链条”中断，混合销售界定不清待难题。
（2）选型问题。关于这一问题，也有三种不同的看法。
第一种看法，主张近期仍维持生产型增值税格局，因为它较好地体现了税收的财政原则、公平原则和效率原则。消费型可视为增值税改革的长期目标。
第二种看法，主张改现行生产型增值税为收入型增值税，允许固定资产所含税金作为进项税金分年抵扣。
第三种看法认为，消费型增值税是我国增值税类型转换的目标模式，但根据我国目前的财政承受力，增值税类型的转换只能逐步过渡。当前，可以考虑将“消费型”增值税当成产业政策来利用，实行有限制的或定向的消费型增值税。具体设想是在关系国计民生的高新技术、交通电力、能源等基础产业中采用“消费型”，将抵扣的资本物限定为技术、设备，旨在促进企业转换机制，并抑制投资扩张。转型期的收入缺口可以通过一些过渡性的安排予以缓解或弥补。比如，对固定资产的存量和增量可分别按年度分比例抵扣。对前者在规定的购置年限内允许部分抵扣，对后者一般当年抵扣的比例最低，往年逐步递增，直到全额抵扣。
（3）税率优化问题。第一，税率结构模式的选择。有两种不同的看法：一是强调增值税的“中性”原则，主张简并税率档次 ，认为单一税率结构可以有效消除“无税扣税”、“低税高扣”等弊端。一是维持当前的双税率格局，并且，双税率结构也符合世界潮流。第二，税率的量度调整。同世界上实行增值税国家比较，我国基本税率适度，可继续维持。但优惠税率有偏高之嫌，可考虑向下微调为11％。第三，弱化优惠税率累退性的技术手段。可以考虑在技术上设定一个征前扣除率（即基本税率与优惠税率的率差），同时在全部纳税环节统一执行一档基本税率。当国家在对适用优惠税率的纳税人征税时，除按照发票扣税外，再补扣一个设定的扣除率，从而保证抵扣和链条的完整，解决因优惠税率的应用而造成税负在纳税人之间转嫁的难题。 [page]
（4）增值税的管理问题。汉前增值税管理方面的矛盾突出，税收流失严重，必须加大增值税规范化管理的力度。其具体办法有，第一，改进和加强发票管理办法。第二，整顿和加强银行账户管理并实行增值税税金结算专户管理。第三，赋予税务机关在异常申报方面的核定征税权，制定转让定价和利息、费用分摊的专门规定。第四，改革现行增值税制度简化“三附表”的填报内容。建立税务机关辅导后再申报的纳税辅导制度。