如果说农村改革以来的20多年中国农民负担治理是治标阶段的话，那么到21世纪初叶，中国农民负担治理则是从治标向治本渐进的转型阶段。笔者的这一推断，是对目前我国农民负担治理现状考察和对21世纪初叶我国农民负担治理形势预测研究的基础上作出的。写作本文旨在企望各级政府进一步深化农村改革，从而为实现农民负担治理由以治标为主转向以治本为主这一根本目标而奠定坚实的基础。
一、农村改革不彻底性的现状表明，政府目前对农民负担实行的是治标式治理
农村改革以来中国农民负担治理是治标式还是治本式？对这一问题的判断，必须建立在对我国减轻农民负担工作形势的基本估价的基础上。笔者认为，从中央到地方、从机关到农村，政府的各级各部门对农民负担问题都给予了高度关注。总的来说，全国减轻农民负担工作取得了很大的成绩。据国家农民负担监督管理部门掌握的情况看，近几年各省、市、区根据中央关于乡统筹、村提留不得超过1997年预算额的政策规定，每年核减农民负担金额都很大。同时，农民反映十分强烈的农村乱集资、乱收费、乱摊派的“三乱”现象基本得到阶段性的控制。但从生产关系与生产力相适应的程度看，笔者感到农村改革的不彻底性致使中国农民负担治理尚未走出治标阶段。中国的改革是从农村开始的，但目前农村改革却滞后于国家的整个改革，主要原因是目前的农村改革在许多方面还不彻底。农村改革的不彻底性，标志着中国农民负担治理仍处在治标阶段。其理由如下：
（一）土地制度改革的不彻底性加大了农民负担治理的困难性。譬如，农村土地产权制度改革遇到了政策和法律障碍。我国法律规定，农村集体土地属“村农民集体所有”，但事实上农民拥有了土地承包经营权后就很难享受集体土地的所有权。村集体经济组织或村民委员会对土地所有权的拥有，从根本上看也是名不副实的。因此，从产权经济学角度看，中国农村集体土地所有权归属是虚拟的。事实也是这样，许多地方因土地所有权主体不明晰而产生农村剩余产品分配不公、农民实际负担有增无减的情况屡屡发生。比如，一些地方的村集体经济组织或村民委员会不能代表“村农民集体”行使土地所有权的职能，而是执行乡镇政府的意图，以土地所有者的身份随意提高承包费，或者拿出一部分土地作为“机动田”搞招标承包。还有的侵犯农民土地收益权，随意增加“三提五统”费，或者增设“地方卡”，要求农民除上缴负担监督卡上的费用外，还需上缴“地方卡”上的费用，等等。这些情况表明，以产权归属为核心的农村土地制度改革在目前还难以深化。可见，土地制度改革的不彻底性就加大了农民负担治理的难度。
（二）财税体制改革的不彻底性形成了农民负担治理的艰巨性。我国税制改革后，农业税归为地方税，是以农业为主的县、乡财政收入的重要组成部分。分税制虽然调动了地方政府征税工作的积极性，但地方这一块的农业税不能随着农业发展和财政需求而增加，因而不能满足农村公共支出的实际需要。同时，与分税制相联系的财政收入的多种预算渠道造成了国民收入再分配的扭曲格局，乡级预算内财政收入大多是“吃饭财政”，甚至是“讨饭财政”，地方政府只好从制度外财政收入来解决农村公共产品供给不足的问题。可见，这种财税体制改革的不彻底性造成农村公共产品供给机制难以创新，势必会诱致农村乱集资、乱摊派、乱收费现象的频繁发生，农民负担治理的艰巨性有多大就可想而知了。1999年年底，笔者对南通市农村8个乡（镇）21个村109户农民作了调查，发现许多要农民出钱出物出工的达标升级活动，许多合同外的集资、摊派、收费项目，大多由县以上人民政府或部门制定出来的。据统计，109户农民中社会负担项目共43项，其中县以上政府和部门出台的共26项（主要是行政事业性收费），占60%左右，人均合同外负担总额为119.14元。这些事实充分说明，导致农民负担治理如此艰巨，财税体制改革的不彻底性是一个重要原因。