近年来，原有的日本公司治理结构使其在二战后长期稳定发展并成为世界经济强国。但东南亚金融危机后日本经济连续负增长。一系列的事实迫使人们对其公司治理结构在新国际形势下的适用性进行重新审视和思考。
一、原有的日本公司治理模式的负面效应
日本文化的典型特征是家庭观念和强调决策一致性的观念。对不同当事人利益的共同点的强调和商业关系中的忠诚与信任，形成了一种重视长期利益而不是眼前利益的公司治理文化。这种商业文化体现于股权结构、董事会制度、对总经理的激励和约束方式、对利益相关者的制度安排等方面。法人相互持股现象比较突出，以银行持股为主；董事会成员几乎全是内部董事，非执行董事并不很普遍；主要通过年功序列制来鼓励经营者着眼于公司长远发展战略：“谋求一致同意”的决策方法使得 “职工参与”管理在日本成为一件很平常的事情。
经济泡沫的破裂和日本20世纪90年代持续停止不前引发人们对日本现存公司治理结构的有效性的反思。日本所采用的主银行内部控制型公司治理结构，对战后日本经济的腾飞起到了非常重要的作用。银行的监控和法人相互持股，不仅保持了对企业的有效监督，而且也防止丁日本企业被恶意收购，从而有利于企业的长远发展。但是，传统的主银行公司治理体制已经不适应目前的形势了。主要表现在：
（1）由于银行融资在日本企业的外来资本中占很大比重，产生了企业对银行的依赖。一旦企业经营不善，企业外来资本中的绝大部分成为银行的不良债权。据统计，日本银行系统2000年9月的不良债权净额为29.16万日元，在2001年9月中期结算中亏损额高达5700亿日元。与此同时，2004年4-9月破产企业9665家，同比增加了2%.
（2）企业间相互持股，虽然阻止了外资的收购，但是人为地提高了股价，使日本证券市场扭曲。
（3）银行之间相互持股，排斥了市场竞争，弱化了资本的流动性，使企业资本的存量调整和增量转移存在严重时滞，不利于产业结构的调整。
（4）以银行融资为主，金融资本的控制权主要控制在银行手中，政府可以直接对金融活动进行干预，存在很多“非市场经济因素”。所以，主银行制的改革势在必行。
二、日本公司治理结构的市场化取向
日本经济学家竹内宏教授在《日本现代经济发展史》中指出，日本企业主要是从银行贷款取得资金，而不像美国企业那样主要从股市筹集基金，造成银行坏帐问题严重。日本正在从“日本式的资本主义”转向“美国式的资本主义”。
1.日本公司直接融资的比重逐年上升，间接融资的比重相对下降，主银行制的中心作用逐渐削弱。1975年到1985年，日本公司直接融资的总额占对外融资总额的比重为14.6%；1986年到1990年，其比重为30%.1996年11月日本政府制定了彻底的金融改革计划，实行股票交易自由化，取消了有价证券交易税，废除了对养老保险、保险公司等资产运用的限制。银行与企业在信贷方面的结合，由银行的单向选择变为银行与公司之间的双项选择，银行不得不放松对企业贷款的审查与监督，从而弱化了银行对企业的控制。长期以来一直较为稳固的相互持股关系正在发生松动，公司之间交叉持股的数额明显减少，银行和工商企业都抛售了对方的部分股票，进行银企关系的重塑。
2.对总经理激励约束机制的市场化表现为股票期权的实施和“另类”经理的出现。实际上，最常见的日本大公司的大部分公司高层管理人员都是通过年功序列制逐步提拔上来的。充斥着官僚气息的年功序列制已经不能适应当前瞬息万变的商业环境了。按照过去的标准是优秀的工人，不一定能够胜任将来管理企业的工作，路径依赖的晋升制度会引起人力资源的次优配置。这说明，日本公司的内控模式对经营者的激励和约束存在严重缺陷，需要借鉴美国的外控模式经验，运用发达的产品市场、资本市场、经理人市场对经营者实施外部监控。最近，日本的一些公司都选拔了“另一种”类型的高层管理人员。其中，一些人在这些日本大公司中已经当上了 CEO，他们没有经过逐层选拔，但通常有长期的国外履历。他们不受公司传统的约束，大胆地对公司进行重组，提高公司的经营业绩。另外，1997年，日本借鉴美英等国的经验对经营者实行股票期权，形成了对总经理的长期激励和约束机制，引起了日本公司治理结构的巨大变化。采用股票期权的公司的数量，从1998 年6月的181家猛增到1999年的335家。