2在免税额方面的不公平。2006年1月1日实施的《中华人民共和国个人所得税法》，将我国居民工资薪金所得个人所得税的免税额定为1600元。这个免征额对中国的任何一个居民都是一样的，表面上似乎是公平的，但实际上并不公平，因为人们的生存条件及社会保障有很大的差异。例如，对农民的免征额是1600元，对国家职工的免征额也是1600元，对农民来说这是不公平的。因为国家职工有良好的社会保障，个人收入是实实在在的净收入；而农民则既无就业保障和医疗保障，又无养老保障，个人收入需用农产品折算，且还要由市场定价，存在很强的不确定性，所以1600元免征额对农民来说并是不公平的。另外，一个养活三个人的个人所得，与一个只养活自己一个人的个人所得，实际上就有很大的差异，但所得税的免征额却是一样的，所以这是公平中存在的不公平。不能体现“量能负担”的原则，其纵向公平性也就无从体现。
3、在税率设置方面的不公平。具体表现在：第一，工薪所得适用9级超额累进税率，税率级次有9级，最高边际税率达45%，在这种高边际税率、多档次的累进税率结构中某些级次的税率形同虚设，并无实际意义；第二、工薪所得和劳务报酬所得同为纳税人的劳动报酬所得，但两者适用的税率形式和实际的税收负担却存在较大的差别，由于劳务报酬所得的适用税率为20%，且一次性收入畸高时,还要实行加成征收，致使多数时候劳务报酬所得的税负重于工薪所得；第三个体工商户的生产经营所得和对企事业单位的承包、承租经营所得适用5级超额累进税率，与其他各项应税所得适用的税率又不相同，这不仅增加了征管操作的复杂性，而且更有违税收公平原则。
四、完善我国现行个人所得税制的构想
1 根据我国目前的实际情况，可实行分类与综合相结合的混合型税制结构模式。实行分类与综合所得税制,是对某些应税所得，如工薪所得、劳务报酬所得等实行综合征收，采用统一的费用扣除标准和税率，对其他的应税所得分类征收，或对部分所得先分类征收，再在年终时把这些已税所得与其他应税所得汇总计算。凡全年所得额超过一定限额以上的，即按规定的累进税率计算全年应纳所得税额。并对已经缴纳的分类所得税额，准予在全年应纳所得税额内抵扣。这种征税制度，兼有分类所得税制与综合所得税制之长，既能覆盖所有个人收入，又能避免分项所得税制可能出现的漏洞，还能体现“量能负担”的公平征税原则，比较符合我国目前的征管水平。
2、拓宽征税范围，增加资本所得的税负。近年来，股票的一级、二级市场明显分化，一级市场没有风险，而获利丰厚，2000年以后的收益率高达20—25%，资本利得达千亿元；个人转让股票利得，往往获利数百万、千万元，我国可借鉴国际上对股票转让利得实施特殊征税办法的经验，有必要按照股票持有期的长短和利得的大小，征收不同的个人所得税，以调节过高收入，并改善二级市场的投资环境。对其他证券交易所得，买卖证券基金的所得，保险业带有投资、分红性质的险种，及其投资、分红所得，也应列入个人所得税的征收范围。