另一个值得关注的问题是民企借壳上市后面临的管理融合。如宏普实业1999年入主良华实业，在分流人员过程中，来自各方的举报信满天飞，甚至有的企业领导人被殴打。创智软件1998年入主五一文，在传统商业转变为电子商务的过程中，恰遇五一文文化用品商场被拆除，失去岗位的数百名职工于2000年8月持续５天围堵创智集团大厦。北京宁馨儿2000年6月收购艾史迪集团间接控股四砂，因担忧出现新的巧取豪夺，四砂职工视宁馨儿为“入侵者”，强烈反对其接管四砂，致使董事会在不到三个月里五易总经理，新任董事长兼总经理迟迟不能到四砂履职。
上述纠纷产生的原因错综复杂，除了被借壳方大都由国企改制上市，企业历史长、包袱重、经营状况恶化等原因出现的管理困难之外，也暴露出借壳方在管理方面的缺陷。因为这些企业大都是异地民营企业，在技术开发上具有绝对优势，企业也具有良好的成长性，因而在完成借“壳”后，具有强烈的扩张冲动。但由于缺乏驾驭大企业或大资金的经验，这种冲动在进行企业整合、实施产业转型过程中，可能与被借壳企业的职工、管理层的利益发生冲突。而且，有些借壳方在出巨资购买国有股或法人股间接上市后，急于在短期内获取高额回报，一旦这种思路外化到其操作手法上，必然会与被借壳方产生更大的矛盾。另外，由于多数借“壳”行为并非市场力量来推动，而是借政府的外力实现的，使得借“壳”与被借“壳”两种截然不同的企业文化必然发生摩擦甚至撞击
。
显然，上述纠纷不仅延缓了重组进程，也不利于实现借壳上市的最终目标，而且损害了借壳方形象。因此，当前提高管理水平和强化道德约束，成为重塑民营企业形象的关键。
总的来说，我国民营企业具有先天不足和后天失调的特点，表现出许多和自身优点相近的缺点：一、强烈的市场意识、竞争意识一定程度上掩盖着急功近利的功利主义；二、比较明晰单一的产权关系，缺乏混合型经济体制的集优能量；三、企业装备、技术、管理等科学化组织程度不高；四、资金人才紧缺，引进、吸收、消化、创新能力还不强；五、国家新的体制切换政策上、舆论上公平程度不够。所有这些问题都将成为我国民营企业及民营上市公司当前乃至今后一段时间内所需面对的现实和挑战。