也有人认为两委矛盾只是由于党委在新的形势下工作方法的落后和村运作不成熟引起的。由于村民直选村委后，党支部失去了过去一直以来直接插手村具体事物的途径和合法性而不知如何实现党的领导的恐慌状态。村委由村民直接选举产生，认为自身的合法性来源于民众，而不需要党的领导，出现了“村委直选，支部靠边；村委领导，支部放倒”的现象。
要把握两委矛盾的实质，我们有必要从两委所体现出的性质及其职权上来考察。从村民自治的发展历程看，村民自治是农民自己发明的自我管理，自我教育，自我服务的基层群众性自治组织，村民委员会办理本村的公共事物和公益事业，调节纠纷，协助维护治安，向人民政府反映村民的意见、要求和提出建议。因此其职能主要表现为经济职能和关于切身利益的安全、健康及文化教育等。从现实情况分析，农民希望选出的村委会能抵制国家的不合理分派，替村民说话，也就是希望村委会起到保护人的角色 。历史上由于科举制度的废止，能起保护者角色的士绅阶层也随之消失，从而导致城乡二元结构的开始形成，农村精英的流失，导致国家与乡村之间的屏障的消失 。农民的保护责任无人承担，而导致国家权力的渗入，可以说村民自治是农民在寻找保护人的过程向过去的复归。这一点可以从农民的生存伦理上得到验证。斯哥特认为农民在长期的恶劣生存条件下形成自己的经济伦理 ，那就是“活下去”，除此之外，别无他图。农民的利益诉求也就表现为一种特殊的要求，得到生存安全的诉求，也就是说农民利益诉求表现为低水平的利益防卫。就是对正常基本权利的保护。从实际调查看，村民要求选出的村委能带领他们致富，这也表现出选举的动机来
源于利益的追求。因此可以说村民自治是在农民追求一种保守型利益时发明的。村委会也寄托着农民想通过它实现自己的基本的经济的安全权利及生存伦理的希望，村委会是农民权利的体现者和主张者。而对这些基本权利的威胁可能来自强大的官僚国家。
党的基层工作组织条例规定党支部是中国共产党的基层组织，要贯彻党的路线、方针、政策及实现党对农民的领导，帮助农村发展经济，加强农村基层政权建设，实现国家政权对农民的控制，使之在党的领导下有序稳定发展，也就是实现国家对乡村的整合。中国共产党是中国先进的党，执政为民，从它诞生以来就坚持为人民服务的宗旨。因此党的领导和人民的长远利益，国家的整体利益是一致的。但由于我国是后发型的国家，需要在很短的时间内实现现代化，因此在发展过程中有可能在一定时间一定范围内为了国家的发展整体的长远利益，有可能牺牲一部分人的局部利益，而导致社会的不稳定和阶层的分化。在这种压力型体制下，国家不得不加强对社会的控制。党委的权力就是体现为一定的国家控制权力，从国家政权本身的性质看它也是一种扩张性的权力。也有学者指出乡村自治是一种国家政权重建的方式。因此党支部所体现的其实是一种权力。
权利英文表示为right，按照〈〈布莱克韦尔政治百科全书〉〉的定义：“① 描述一种制度安排,其中利益得到法律保护,选择具有法律效力、商品和机遇在保障的基础上提供给个人。②表达一种正当合理的要求。即上述制度安排依法建立并得到维护尊重，权利似乎突出地代表了个人主义价值，我们在权利被认为是在严肃保障个人或人们的一些利益具有重要意义时才论及它们。”因此含有权益、主张、给他所应得之意。在西方往往与自由这一概念相联系,也就是我们通常所说没有自由便没有权利，更没有利益。而权利的主体一般表现为个人或组织，它是人民在与国家权力斗争中从国家权力那里获得的，因此从一开始权利就是与权力相对立的，一直与权力进行斗争，进而扩大了权利的范围。因此它具有个体性、保守性（消极被动性）、防御性。权力呢，英文表示为power、authority，〈〈布莱克韦尔政治百科全书〉〉的定义：“权力在最低限度上讲是指一个行为或机构影响其它行为者或机构的态度和行为的能力，霍布斯把权力定义为一种因果关系，是一种主动出击的‘行动者’和被动的承受对象之间的因果关系，韦伯把权力定义为在社会交往中一个行为者把自己的意志强加在其它行动者之上的一种可能性”。含有控制、权威、扩张之意。它是历史的