一、坚持观念创新
我院以邓小平和党的十五大精神为指针，以超前的眼光和果断的行动，在国家出台科研院所转制政策之前就大胆探索，实行企业化管理，推行承包经营责任制。在20世纪80年代末，我院采取组建中外合资企业和小规模子公司的方式，试行了内部产权制度的改革；90年代后期，又将具有良好市场前景的优质资产拉出来组建股份公司和有限责任公司，充分利用外界的资本市场。经过十年来的不懈努力，我院的思想观念产生了巨大转变，从战略的高度注重“四个转变”：一是“变近”。充分利用科研机构与企业制度有机结合的科技企业经营管理模式，使科研开发生产贴近世界高科技发展前沿，贴近经营管理实际，贴近市场。二是“变大”。实现从科研机构单一法人体制、单一股东结构向多元法人体制、多元股东结构的转变，有效利用资本市场实现资本积累，壮大参与国际竞争的实力和技术优势。三是“变快”。充分发挥我院作为国家光通信技术工程研究中心、国家光中心和亚太地区光通信技术培训中心的优势，加快科研与市场的融合，加快科技创新和产业化进程，在国际光通信领域竞争中将优势迅速转化为现实的优势。四是“变活”。实现从科研机构行政管理模式向企业法人治理模式的跨跃，建立健全包括激励机制、约束机制及经营者选择机制等多方面的公司治理结构，激活经营管理机制。观念的转变有效地促进了经营理念和管理模式的创新，我院在科研机构转制中抢占先机，实现了转制初期提出的“一举三破”的奋斗目标：在国际竞争中高举振兴光通信产业的大旗，通过强化光通信科研开发与生产经营相结合的一体化发展，打破了国外对我的高新技术封锁，突破了国际跨国公司在光通信领域的“围追堵截”，冲破了科研机构传统管理旧观念的束缚，走上了科研机构体制创新和科技创新的道路。
二、坚持科技创新
我院始终把科技创新作为振兴光通信事业的突破口。一方面，强调人才投入，注重对高素质人才尤其是技术创新带头人的培养和使用，使一批批适应市场竞争、善于经营管理、勇于开拓创新的技术和经营管理人才奋斗在光通信前沿，保持了科技创新的活力。另一方面，坚持发展是硬道理，加大资金投入，以保证科技创新的需要。自1990年国家对科研单位减拨事业费以来，我院调整压缩福利基金分配比例，确保用于生产发展的投入达到全院收支结余的60%以上。同时，经主管部门批准，从1992年起对科研、生产中的“高、精、尖”固定资产实施加速折旧，其积累全部投入技改和科研，确保了科研生产发展的后劲。20多年来，我院一直承担着我国光通信领域国家科研攻关“五年计划”、“863”等国家重点课题，共取得了450多项重大科研成果，有的已实现了产业化，并开始进入国际市场。更值得骄傲的是，从2000年3月到2001年2月，国际电信联盟批准了由我院代表中国提出的因特网与光纤网适配技术标准、“以太网”和“千兆以太网”在光缆上运行接口标准，这是中国人首次向国际电信联盟提出光通信技术标准并获得通过，标志着我国在掌握核心技术方面的巨大飞跃。
三、坚持体制创新
一是经营机制创新。90年代初期，我院借鉴国外公司事业部制的管理方式，按照产业化的基本思路，对内部机构进行了调整，将原来院属9个单一型研究所级单位整合为光电端机、光纤光缆、光电器件、无源器件4个复合型实体，每个实体内部都建有与科研紧密结合的具有一定生产能力的高新技术生产线，从而解决了科研与生产脱节、生产与经营脱节的，初步实现了研发、生产、营销“一条龙”运营。近几年，我院又根据实际情况，按照深化产权改革与强化整体发展的思路，在成功组建运营一家中外合资公司的基础上，先后成立了深圳亚光、网能信息、虹信通信、光迅科技和烽火等有限责任公司，并将院属情报所、研究生部改制组建成烽火科技学院，将院属质检中心等改制成中国网锐实验室，将原后勤服务部门组建成综合服务总公司，同时拿出大部分优质资产，与其它十家企业联合，共同发起设立了烽火通信股份公司，并于2001年7月26日成功发行上市，募集资金16亿多元。