人们在说到灵知主义时，凭靠的是什么原始文献？如果真有这样的宗教群体──还有那么高超的思想，肯定有“著于帛书”的文字。但是，灵知派的正宗文本并没有传衍下来，当谈论灵知派时，人们依靠的是正统教会建立后被尊为教父们的早期基督教思想家反驳灵知派的护教文字，从中勾稽出知灵派的“学说”──就像清人辑佚纬书。教父们反驳基督教灵知派时提到过的那些论著早已失传，今人谁也没有见过灵知派的“原著”。
一九四五年，埃及纳克、罕玛狄（Nag Hammadi）地区的一对阿拉伯农民兄弟到荒山里采肥料（当地习惯采取山里碎石中的硝酸盐作肥料），无意中挖出一些用沥青封口的瓦罐。他们以为得到一堆有人藏起来的偷来的金子，打开一看，不过是些蒲草纸残片。幸好他们把这事告诉了别人，引起盗卖文物贩子的兴趣。几罐子蒲草纸残篇几经转折，进了国家博物馆，经专家鉴定，这些残片就是差不多两千年前受迫害的灵知人用的经书。
“纳克、罕玛狄书卷”（Nag Hammadi Library，中译本名为《灵知派经书》三卷）勘称二十世纪最重大的地下文献发现，有如我们的“郭店楚简”。经专家们几十年的整理、拚结、翻译后确定，这些灵知派经书大多原本是散居各地的佚名希腊语灵知人书写和保存的经书，流传到埃及北部时被当地人翻译成Coptic（科普特文──希腊语字符写的埃及语）文本；有的翻译还不只一个译本（恰好可以比较翻译优劣），而且保留了希腊原文；也有一些文本显得是新一代灵知人到埃及后才写的。总之，这些文本是灵知派在数百年传衍过程中意外保留下来的一次积累，“其写作时间长达五百年”（从公元前一世纪到公元四世纪），主要是基督教的，也有犹太教、希腊宗教、拜火教和黑米特（Hermetic）文献。[36]
在十九世纪的宗教历史考订学派出现以前，人们研究灵知派的“学说”，目的仅仅是为了搞清楚，教父们的“正统”教诲究竟说的是什么。与教父们引用灵知派的文字一样，灵知派的经书是反面教材。十九世纪的宗教历史考订学派扭转了灵知派“学说”的身份，不再是“反面教材”，而是历史文献，只不过他们所面对的历史文献都处于被教父们的写作断章取义的状态。
《灵知派经书》的发现才第一次让灵知派“学说”的本来面目呈现出来。
从前的“反面教材”马上颠转成这样的问题：何谓“真正”的基督信仰、“真正”的教会，何为“异端”、何谓“正统”？
《灵知派经书》中的一些篇章同样攻击“异端”，而灵知派所谓的“异端”恰恰是正史上所称的“正统”派基督徒。如果说坚持新约、跟随使徒的踪迹就算“正统”，灵知派同样从新约福音书（尤其《约翰福音》）的释经出发，甚至有的文本本身就是直接记载耶稣言行的“福音书”──著名的《多玛福音》就完全是耶稣语录，而且与《新约》中的四福音书中的经文多有平行之处（参《灵知派经书》，卷上，页148─170）。如果拒绝旧约的上帝就算不“正统”，《灵知派经书》中有些书卷明显依据旧约──《论世界的起源》基本上是对《创世纪》头两章的解释，“居于主导地位的是典型犹太教思想”，《掌权者的本质》则是对《创世纪》前六章的寓意解释（参《灵知派经书》，卷上，页198─231），以至于人们推测，基督教灵知派原本是犹太教中的一个“异端”小派。不难设想，倘若灵知派成为“主流”教会，或者用今天的话说在政治上取得霸权，《灵知派经书》就可能成为犹太─基督教正典。事实上，《灵知派经书》中不少篇章构思之精巧、识见之高超、希腊文之典雅，都不亚于新约书卷──《真理的福音》就是“由一位造诣高深的文人以慎密的修辞风格和典雅的希腊文写成”（参《灵知派经书》，卷上，页48─64）；就神学教义之系统性和冥思性而言，更不遑让教父们的护教论著，何况灵知派经书的性质同样是一种护教。
基督教正典的形成是教派之间政治冲突的结果，灵知派与后来所称的“正统”大教会之间的关系，有些地方可能与汉代儒家今古文经学之间的关系差不多，既为一体，又相互排斥。