所谓国库集中收付制度，就是将所有的政策性财政资金全部集中到国库单一账户，并规定所有的财政支出必须由国库直接支付。在这种制度下，财政资金的使用，由各部门根据细化的预算自主决定，由财政部门核对后准予支出，财政资金将由国库单一账户直接拨付给商品或劳务供应商，而不必经过支出单位进行转账结算。为便于各部门小额零散支出的需要，财政部门可为预算单位设立当日清算的流动账户。在实际支付之前，所有的资金都集中在国库，财政部门可以统一调度。
实行国库集中收付制度后，支出单位的财政资金都集中存放在国库，有利于财政部门对资金加强统一调度和管理，使库款调度更加灵活。同时，也将从根本上改变目前财政资金管理分散、各支出部门和支出单位多头开户、重复开户的混乱局面。
财政部门内部实行预算的编制、执行、监督相对分开，从机制上防止营私舞弊。财政部门、支出单位、结算银行都持有可以相互核对的资金支付账册，预算执行规范透明，有利于加强对财政资金支出全过程的监督和管理，杜绝不合理支出，提高财政资金的使用效益。同时，还能有效地防止利用财政资金谋取私利等腐败现象的发生。
实行国库集中收付制度后，一方面，财政部门要严格按预算办理财政资金的支付，有利于强化预算约束；另一方面，支出部门按其部门预算与供应商或劳务提供者签订支付合同，不需要像以往那样要等财政部门把资金划拨到账户上以后才能支付。
由于未支出的财政资金集中存放在国库，财政可根据库款情况决定国债发行品种和数量，可以减少短期国债的发行量和利息支出，减轻财政负担。
二、国库集中收付的基本程序
国库集中收付可分为财政直接支付与财政授权支付两大类，其操作程序如下：
（一）财政直接支付程序
（1）预算单位实行财政直接支付的财政性资金包括工资支出、购买支出，先由基层单位提出申请，再由一级预算单位汇总，填写《财政直接支付申请书》，报财政部门国库支付执行机构。
（2）财政部门国库支付执行机构收到申请书后，进行审核确认，按一级预算单位，分款项税目汇总，填写请款书，送财政部门国库管理机构审核。
（3）国库机构对请款书审核后，将资金拨付到国库支付执行机构在代理行的直接支付账户上，财政支付执行机构收到款项后，开具《财政直接支付凭证》，通过代理行及时将资金直接支付给收款人或用款单位。
（4）代理银行根据《财政直接支付凭证》办理支付后，开具《财政直接支付入账通知书》，通知一级预算单位和基层预算单位，作为编制记账凭证的依据。如果还有二、三级单位的，由一级预算单位负责向二级或多级预算单位提供记账凭证。
（5）预算单位根据收到的入账通知书做好相应会计核算工作。与此同时，财政部门国库支付执行机构根据代理银行的回单，记录各用款单位的支出明细账，并向财政部门国库管理机构提供按一级预算单位汇总的付款信息。
（二）财政授权支付程序
财政授权支付程序适用于预算单位的零星支出和未纳入工资统发的工资支出，具体程序如下：
（1）由财政国库管理机构将财政授权支付资金拨付到支付执行机构在代理银行开设的授权支付总户；财政支付执行机构收到拨款后，向代理行开具《财政授权支付通知单》。
（2）代理银行收到《财政授权支付通知单》后，在1个工作日内按照《财政授权支付通知单》所确定的各基层预算单位资金使用额度，向各基层预算单位分发《财政授权支付到账通知书》。
（3）代理行根据《财政授权支付通知单》受理预算单位支付指令，并严格控制预算单位的支付金额，按期与财政授权支付总户进行资金清算。
（4）预算单位支用授权额度时，填制财政部门统一制定的《财政授权支付凭证》后，送国库支付执行机构，由国库支付执行机构签章后送代理银行，代理银行根据审核后的《财政授权支付凭证》办理资金支付，《财政授权支付通知单》中确定的月度授权额度可以滚存使用。