关于学生的行政申诉制度是政府、教育行政部门依法处理学生申诉请求的制度。现实中，教育行政申诉案件被安排在信访部门，申诉也并不必然引起法律程序，致使学生的申诉往往石沉大海。因此，必须对行政申诉的机制和处理程序加以完善。首先，应该加强处理行政申诉相应机构的建设。其次，应明确其受案范围。教育行政申诉的受理范围应该主要包括：学生对学校作出的处理或处分不服的；学生因学校侵犯其人身权、财产权等合法权益提出申诉请求的。最后，对其处理申诉案件的程序加以规范。主要包括：申诉应以书面的形式提出，并附交有关的证据材料。申诉受理审查、申诉处理都应以书面的形式作出决定，通知申诉人和被申诉人，并在一定时限内完成。对有关申诉请求，申诉处理机构应当根据具体情况分别作出维持、责令限期改正、撤销原处理决定和在管理权限内作出变更的决定。当然，政府和教育行政主管部门办理行政申诉案件，还应该充分尊重高校的办学自主权。某些事项如果超出行政机关职权范围，应告知学生撤回申诉，选择其他救济途径。
（2）建立教育仲裁制度
教育仲裁制度是指根据教育法律的规定，当学生与高校发生纠纷时，依法向专门设置的教育仲裁机构申请，由教育仲裁委员会依据法律规定进行调节、裁决的一系列活动。教育仲裁制度除具有仲裁制度的一般法律特征之外，还具有自身特点，如仲裁机构应设置在教育行政主管部门内部；仲裁员的组成上应由教育行政部门代表、高校代表、等组成，并聘任教育界人士、法律界人士担任兼职仲裁员，从而保证教育仲裁的专业性和合法性。教育仲裁的受案范围应当与诉讼的受案范围一致。当学生未能或不愿通过申诉解决纠纷时，可以在申请仲裁和提起诉讼之间选择，对仲裁裁决不服仍可以提起诉讼。教育仲裁制度作为学生申诉与诉讼的衔接制度，具有自身的优势，主要表现为：1、有利于及时解决教育纠纷，化解学校与学生的矛盾。 教育纠纷发生后， 双方当事人在协商不成的情况下， 可以提起教育仲裁，教育仲裁委员会按照及时、有效、公平合法的原则迅速地加以处理。2、有利于节约诉讼成本。教育仲裁作为教育纠纷诉讼的前置程序，使得一部分教育纠纷案件在仲裁阶段就得以解决， 减轻了当事人的诉讼负担，节约了诉讼成本。3、有利于充分发挥教育行政机关的职能作用，更好的保护当事人的合法权益。 因此，完善教育法律法规，依法建立教育仲裁制度，具有充分的必要性和可行性。
（3）充分保障学生的诉讼请求权
长期以来，关于高校的法律地位以及高校和学生的法律关系一直没有厘清，高校与学生的纠纷是否具有可诉性争执不下，法律也没有明确规定，致使实践中各地法院根据各自对现有法律的理解，对于这种纠纷有的予以受理并作出判决，有的却被驳回，学生的诉讼请求权不能得到有效保护。诉讼请求权是当事人向人民法院提起诉讼，请求通过司法裁判方式支持其主张的权利。司法救济是解决社会冲突与纠纷的最后救济方式、最高救济方式，是实现社会公正的最后一道防线。保护实体性权利，必须要配置相应的诉权，否则当权利受到侵害而状告无门，整个社会的公平正义的信念都会为之动摇，司法的最高权威也就难以树立。因此，解决高校与学生纠纷的可诉性问题并对诉讼范围加以界定，实现司法权对高校管理的介入，是实现依法治校的当务之急，也是解决大学生权利保护的关键所在。
法院对待高校与学生的纠纷之所以采取审慎的态度，主要在于对高校办学自主权的顾忌。我国《教育法》、《高等教育法》等都赋予了高校办学自主权。高校办学自主权的概念体现了大学自治的原则。“大学自治”传统发源于中世纪的欧洲，其内涵是指大学可以自主地治理学校的内部有关事务，最大限度地排除外界的干扰和支配。大学自治主要是因为大学事务的专业性、学术性和复杂性，并且只有专家学者才能有能力理解并解决这一领域的问题，“由于他们最清楚高深学问的内容，因此他们最有资格决定开设哪些科目以及如何讲授。此外，教师还应该决定谁最有资格学习高深学问（招生）、谁已经掌握了知识（考试）并应该获得学位（毕业要求）。”[19]大学自治在高校与学生的关系中体现为“特别权利关系”。依据学界通说，特别权力关系大致有如下几个特征：第一，当事人地位的不对等。在特别权力关系中，作为特别权力主体的一方当事人总是处于优越地位，有权对相对人实施强制或处罚，而相对一方则处于服从的地位。第二， 相对人义务的不确定。特别权力关系的相对人，其义务是不确定的，只是一种概括性的权力服从关系，权力人只要在达成目的的范围内尽可给予对方相当之义务；第三，有特别规则。不适用法律保留原则，行政主体可以制定特别规则拘束相对人，无须法律授权，即可限制相对人的基本权利。这种限制措施最明显的表现在有关纪律的惩戒权力上，惩戒人可以依据目的取向来决定惩戒的种类及实行的要件，造成双方地位的绝对不平等；第四，缺乏法律救济途径。有关特别权力关系的事项，皆不得提起民事诉讼，亦不得提起行政诉讼，不接受司法审查。